Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Pnkp-203ENSMUST00000107876 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Hmgb3-204ENSMUST00000114582 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Hmgb3-203ENSMUST00000088874 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Fem1a-201ENSMUST00000060253 6816 ntAPPRIS P1 BASIC14.78□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Rhot1-203ENSMUST00000077451 3297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Ppp2r2c-201ENSMUST00000031003 4088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Vill-207ENSMUST00000141185 1645 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Foxo3-203ENSMUST00000105502 6848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Wnt10b-206ENSMUST00000228546 2709 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
Use1Q9CQ56 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Idh2-201ENSMUST00000107384 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Pcbp3-206ENSMUST00000168465 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Cdk2-201ENSMUST00000026415 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Itm2c-201ENSMUST00000027425 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 H2afy2-201ENSMUST00000020283 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Abr-203ENSMUST00000094012 5236 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Safb-201ENSMUST00000095224 3106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Ocln-205ENSMUST00000160859 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Ubl7-201ENSMUST00000163329 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Hacd3-201ENSMUST00000036615 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Cdkn1b-203ENSMUST00000204807 1757 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Mdp1-201ENSMUST00000002400 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
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Use1Q9CQ56 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Gm17178-201ENSMUST00000163273 357 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 2610027K06Rik-203ENSMUST00000140673 2076 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Pak4-202ENSMUST00000108283 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Pcbp4-201ENSMUST00000024260 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Rfc5-201ENSMUST00000086461 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Ndst2-202ENSMUST00000223679 3907 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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Use1Q9CQ56 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Rnf138-202ENSMUST00000072847 3002 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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Use1Q9CQ56 Tmem94-201ENSMUST00000093912 5329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Slc23a3-201ENSMUST00000027405 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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Use1Q9CQ56 Irf2bpl-201ENSMUST00000038422 4098 ntAPPRIS P1 BASIC14.75□□□□□ -0.05
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Use1Q9CQ56 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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Use1Q9CQ56 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Rpn2-201ENSMUST00000029171 2621 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Cand2-201ENSMUST00000075995 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Pxk-205ENSMUST00000225653 2765 ntAPPRIS P2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Tmem2-201ENSMUST00000025663 6585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Hnrnpm-205ENSMUST00000139302 2428 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Tgfa-201ENSMUST00000032066 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Use1Q9CQ56 Oxtr-201ENSMUST00000053306 4704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.1 ms