Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 Gm12490-201ENSMUST00000120255 560 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ube2f-210ENSMUST00000191368 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm38294-201ENSMUST00000192831 381 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Rpl32-202ENSMUST00000203816 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 AC130829.1-201ENSMUST00000221548 494 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Pold4-201ENSMUST00000025773 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ccdc182-201ENSMUST00000037268 1204 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Rps27l-201ENSMUST00000040917 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Polr3e-203ENSMUST00000207481 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Nisch-208ENSMUST00000165981 2415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 P4ha2-201ENSMUST00000019050 2230 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Spdef-201ENSMUST00000025054 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Large2-215ENSMUST00000176810 2477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Sebox-201ENSMUST00000001130 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ubap1l-201ENSMUST00000147185 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Slc22a16-202ENSMUST00000078314 2269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Efnb3-201ENSMUST00000004036 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Lrfn1-202ENSMUST00000108288 3060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Metrnl-202ENSMUST00000106089 1101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Tex22-202ENSMUST00000109729 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Mkl2-203ENSMUST00000115809 667 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Bcs1l-201ENSMUST00000027358 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm16976-201ENSMUST00000099718 1894 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm7292-201ENSMUST00000194706 2527 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Cd82-202ENSMUST00000099696 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Alx1-204ENSMUST00000217946 1542 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ubac2-201ENSMUST00000039803 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 A530084C06Rik-201ENSMUST00000170573 3200 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 AC124751.1-201ENSMUST00000222716 1408 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm11841-201ENSMUST00000117060 1963 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm29455-202ENSMUST00000186697 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Npnt-202ENSMUST00000042744 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Nr2f1-202ENSMUST00000125176 841 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Rpl34-203ENSMUST00000133802 711 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Pttg1ip-205ENSMUST00000162429 652 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm38293-201ENSMUST00000193209 600 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Lhfpl4-201ENSMUST00000162280 4762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Syt7-205ENSMUST00000224135 1557 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm13517-201ENSMUST00000120782 1495 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Dcdc2c-206ENSMUST00000221349 2209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 1700066B19Rik-201ENSMUST00000097617 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Rgs9-202ENSMUST00000103062 1743 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Tgfb1i1-207ENSMUST00000167965 1746 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Neu1-201ENSMUST00000007253 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 1700113H08Rik-201ENSMUST00000169849 1332 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm36858-201ENSMUST00000194501 2391 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 1700037H04Rik-202ENSMUST00000103188 1241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Slc10a7-204ENSMUST00000209992 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Letm2-213ENSMUST00000211422 738 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 AC125350.2-201ENSMUST00000224737 727 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Myl6b-201ENSMUST00000026428 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Prg3-201ENSMUST00000028466 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Tmem116-202ENSMUST00000060004 1297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Tmem107-201ENSMUST00000075980 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Gm25857-201ENSMUST00000082788 129 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Psen2-203ENSMUST00000111105 1575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Spata6-201ENSMUST00000038868 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Grk6-207ENSMUST00000225925 2769 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Osr2-201ENSMUST00000022952 1724 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Zic1-201ENSMUST00000034927 5606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Cdca3-201ENSMUST00000024270 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Sox9Q04887 Trappc2-203ENSMUST00000116495 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.4 ms