Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Twf2-201ENSMUST00000024047 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Dctd-201ENSMUST00000033966 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm26613-201ENSMUST00000180919 1457 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Pgam1-ps1-201ENSMUST00000119107 749 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm13962-201ENSMUST00000131512 611 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tmem176a-202ENSMUST00000168406 1086 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ube2r2-201ENSMUST00000040008 3600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 C130074G19Rik-201ENSMUST00000048308 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Prss54-201ENSMUST00000052690 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm4756-201ENSMUST00000207585 1716 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Itm2c-201ENSMUST00000027425 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Slc25a32-201ENSMUST00000022908 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm38392-202ENSMUST00000165196 1303 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 9230020A06Rik-203ENSMUST00000214621 1682 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ubl5-204ENSMUST00000160682 489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Smarca5-ps-202ENSMUST00000171805 1284 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm7230-201ENSMUST00000173026 815 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Mir5131-201ENSMUST00000175426 93 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 1700028B04Rik-202ENSMUST00000190841 971 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm6089-201ENSMUST00000197666 938 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ndufb9-201ENSMUST00000022980 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 0610010F05Rik-203ENSMUST00000109532 4106 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tcf3-207ENSMUST00000105343 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ado-201ENSMUST00000075686 4445 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Zfp423-202ENSMUST00000109655 4907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm26891-201ENSMUST00000181644 2599 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Hoxb5-201ENSMUST00000049272 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Usp35-202ENSMUST00000168435 3982 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Cbx8-201ENSMUST00000026663 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Bmt2-202ENSMUST00000203078 4462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Sipa1l1-202ENSMUST00000166429 8215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Lats1-202ENSMUST00000165952 7209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ankrd16-201ENSMUST00000056108 1618 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Pdlim7-206ENSMUST00000131306 1915 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm13425-201ENSMUST00000145389 5391 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Coa3-201ENSMUST00000017332 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Map2k3-201ENSMUST00000019076 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm37500-201ENSMUST00000192059 1443 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm42413-201ENSMUST00000196216 338 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Lrr1-203ENSMUST00000222520 767 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tmem50b-201ENSMUST00000023686 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tpm2-201ENSMUST00000030184 2175 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Lhb-201ENSMUST00000072453 678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Aurkaip1-201ENSMUST00000084097 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tlnrd1-201ENSMUST00000094216 4433 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Pnkp-202ENSMUST00000098478 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ubr2-201ENSMUST00000113335 5691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Stpg1-201ENSMUST00000063707 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Taf15-201ENSMUST00000021018 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Sash1-201ENSMUST00000015449 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Atp2c1-205ENSMUST00000163879 2408 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Kdelc2-201ENSMUST00000037853 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm43661-201ENSMUST00000199099 687 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 D530033B14Rik-201ENSMUST00000205412 546 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gm40513-201ENSMUST00000217258 411 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Rhebl1-201ENSMUST00000024518 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Hist1h2ak-201ENSMUST00000074752 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Fars2-205ENSMUST00000224241 1665 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Tnfaip2-202ENSMUST00000109792 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Ate1-203ENSMUST00000094017 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Spon1-202ENSMUST00000084696 5201 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Vps28Q9D1C8 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 60.5 ms