Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Phf8-204ENSMUST00000112666 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Card9-201ENSMUST00000028294 1880 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Rtn1-202ENSMUST00000078505 3629 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Pik3ap1-201ENSMUST00000059672 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Pde5a-204ENSMUST00000200389 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Cpxm1-201ENSMUST00000028897 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Zdhhc15-201ENSMUST00000042070 5509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Islr2-205ENSMUST00000170421 4071 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Hpn-201ENSMUST00000039435 1743 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Cdkn1b-201ENSMUST00000003115 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Skor1-201ENSMUST00000055281 3657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Ifngr2-201ENSMUST00000023687 3254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Gm6858-201ENSMUST00000208582 1468 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Pam-210ENSMUST00000161567 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Zfp451-201ENSMUST00000019861 3958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Gpr135-201ENSMUST00000050649 3150 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Fam178b-201ENSMUST00000114981 1659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 A430035B10Rik-204ENSMUST00000148063 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Gm9768-201ENSMUST00000206007 2861 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Usp4P35123 Bcor-203ENSMUST00000115512 6887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Cep19-202ENSMUST00000115168 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gm15559-201ENSMUST00000132267 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Adnp-201ENSMUST00000057793 4917 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Fzd5-201ENSMUST00000063982 6915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Klhl29-201ENSMUST00000020958 7041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Camk2d-204ENSMUST00000106400 2722 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Tpcn1-201ENSMUST00000046426 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 4930401G09Rik-201ENSMUST00000139500 637 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Hr-201ENSMUST00000022691 5487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Runx2-213ENSMUST00000162878 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 P3h1-204ENSMUST00000121111 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Slc30a5-201ENSMUST00000067246 3179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Stk40-202ENSMUST00000116286 3860 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Fgf5-201ENSMUST00000031280 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Slc24a4-202ENSMUST00000159329 4465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Slc39a1-201ENSMUST00000015467 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Ano8-201ENSMUST00000093450 3653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Phospho2-201ENSMUST00000028494 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gid8-201ENSMUST00000029090 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Kcnn1-208ENSMUST00000212611 2528 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gm26762-201ENSMUST00000180864 5284 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Btd-201ENSMUST00000090147 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gm18669-201ENSMUST00000216049 778 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Efcab14-204ENSMUST00000106525 2792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pcbp3-206ENSMUST00000168465 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gstm4-201ENSMUST00000029489 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Ablim2-202ENSMUST00000101280 3042 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Ccdc88b-201ENSMUST00000113440 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Hdgfl1-201ENSMUST00000055915 1993 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pde4d-208ENSMUST00000120671 2455 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Irf2bpl-201ENSMUST00000038422 4098 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gm29340-201ENSMUST00000188763 3854 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Vav1-204ENSMUST00000169220 2810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Tmem185b-202ENSMUST00000183952 2824 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Nabp1-201ENSMUST00000027279 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Zyx-205ENSMUST00000203401 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Gm2788-204ENSMUST00000209288 1966 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Rgs20-201ENSMUST00000002533 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pgam1-ps2-201ENSMUST00000117129 765 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usp4P35123 Pak4-202ENSMUST00000108283 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.8 ms