Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ntpcr-205ENSMUST00000143504 520 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Runx2os2-201ENSMUST00000161664 818 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Npb-201ENSMUST00000061309 418 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Nutf2-201ENSMUST00000008594 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Golga7b-201ENSMUST00000087123 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Cd5-201ENSMUST00000025571 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 AC153526.5-201ENSMUST00000218661 2147 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45293-201ENSMUST00000209754 1812 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Celf5-203ENSMUST00000120508 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Anxa3-201ENSMUST00000031447 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35f2-201ENSMUST00000048670 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h3e-201ENSMUST00000105107 836 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1c2-208ENSMUST00000221129 1425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Sox14-201ENSMUST00000054819 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Dnase2a-201ENSMUST00000003910 1715 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Mag-203ENSMUST00000187137 2434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Rtp2-201ENSMUST00000061030 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx6-203ENSMUST00000112963 3481 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 2810047C21Rik1-201ENSMUST00000172930 915 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18889-201ENSMUST00000174284 929 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem38a-203ENSMUST00000212763 882 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Lpar5-203ENSMUST00000171989 1458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 CT025626.1-201ENSMUST00000223735 1455 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 1700010B13Rik-202ENSMUST00000189435 1549 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Trim3-201ENSMUST00000057525 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Trav3-1-201ENSMUST00000103569 385 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Trav3-4-201ENSMUST00000103670 458 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 H13-203ENSMUST00000109825 1063 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Acvr1c-203ENSMUST00000112607 1266 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc8-202ENSMUST00000120672 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5312-201ENSMUST00000203728 547 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Mzb1-201ENSMUST00000025211 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Crygn-201ENSMUST00000047119 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Rxfp4-201ENSMUST00000063119 1245 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26728-202ENSMUST00000203423 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Coq10a-205ENSMUST00000220027 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 4933412A08Rik-201ENSMUST00000061046 1343 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Psrc1-201ENSMUST00000090561 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Cd82-202ENSMUST00000099696 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Prelid3a-201ENSMUST00000025411 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl5-207ENSMUST00000124610 2306 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc43-201ENSMUST00000092569 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Entpd6-201ENSMUST00000094467 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Trim8-201ENSMUST00000026008 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Rasip1-201ENSMUST00000057927 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ints8-201ENSMUST00000044616 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Fam170b-201ENSMUST00000104926 1694 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Iqcj-201ENSMUST00000063263 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27198-201ENSMUST00000184172 1517 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ltc4s-202ENSMUST00000102772 649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc23-202ENSMUST00000165648 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17251-201ENSMUST00000170103 925 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Prr29-205ENSMUST00000190268 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 9430081H08Rik-201ENSMUST00000217460 818 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Erich4-201ENSMUST00000098663 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16976-201ENSMUST00000099718 1894 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ggnbp2-203ENSMUST00000108081 3034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13344-201ENSMUST00000137714 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ogfr-201ENSMUST00000029087 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp36l3-201ENSMUST00000071711 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Rps15-ps2-201ENSMUST00000121788 438 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Mmab-203ENSMUST00000123256 1277 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr146-202ENSMUST00000053120 1040 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Prss48-201ENSMUST00000061343 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Iqck-202ENSMUST00000106547 2026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Hbegf-201ENSMUST00000025363 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Pspc1-202ENSMUST00000163924 2863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Mis12-206ENSMUST00000164220 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ldb3-208ENSMUST00000228044 1883 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Tcea1-202ENSMUST00000165720 2854 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15998-201ENSMUST00000135144 1844 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Nosip-202ENSMUST00000107829 972 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Tmsb10-203ENSMUST00000114050 570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Acyp1-203ENSMUST00000117138 735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6956-201ENSMUST00000183598 62 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm1-214ENSMUST00000113701 1677 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Apoa5-202ENSMUST00000121598 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Mkrn3-201ENSMUST00000094340 2547 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a18-202ENSMUST00000105917 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ap3s1-201ENSMUST00000025357 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Irgc1-201ENSMUST00000080594 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37171-201ENSMUST00000192636 1185 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 AC139382.1-201ENSMUST00000221402 498 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh2a-201ENSMUST00000065049 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.6 ms