Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

Predictions only

Length 892 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Cxxc5-201ENSMUST00000060722 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Dok1-201ENSMUST00000089651 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Ptprt-201ENSMUST00000109441 6623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Fdps-203ENSMUST00000196709 1382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Pde4a-201ENSMUST00000003395 2524 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Med20-201ENSMUST00000024778 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Fastk-203ENSMUST00000115043 3056 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Irf7-202ENSMUST00000097952 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Smox-203ENSMUST00000110180 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Coq6-201ENSMUST00000021661 1602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Abcb4-201ENSMUST00000003717 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm44930-202ENSMUST00000208733 689 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Bnc1-201ENSMUST00000026096 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Enah-212ENSMUST00000195059 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Adcy7-203ENSMUST00000169037 5198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Skor1-202ENSMUST00000116613 3591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Trim11-201ENSMUST00000093061 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Papola-202ENSMUST00000109901 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Zdhhc8-201ENSMUST00000076957 4867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Fbxo17-203ENSMUST00000108279 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Ttbk1-201ENSMUST00000047034 6959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Zfp316-201ENSMUST00000051665 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Fgfr1op2-204ENSMUST00000111663 2880 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Zdhhc18-201ENSMUST00000084238 4580 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Cnot7-206ENSMUST00000135269 2461 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Casp8-201ENSMUST00000027189 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Sh3rf1Q69ZI1 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Npdc1-202ENSMUST00000071442 1485 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Unc5a-202ENSMUST00000109994 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Map6-203ENSMUST00000122101 3233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Fdft1-204ENSMUST00000224625 3698 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Supt5-208ENSMUST00000209141 3755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Chic2-201ENSMUST00000075452 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Slc4a5-203ENSMUST00000113900 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Fam126a-201ENSMUST00000030849 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Kif7-201ENSMUST00000059836 4521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Atf3-201ENSMUST00000027941 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Htr7-202ENSMUST00000164639 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Klhl26-204ENSMUST00000209567 2615 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 1110065P20Rik-204ENSMUST00000163946 762 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Ighv6-1-201ENSMUST00000193612 343 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Mgarp-201ENSMUST00000038154 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm6190-201ENSMUST00000220683 1374 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Msi1-208ENSMUST00000150779 3133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Ripor2-205ENSMUST00000110384 5608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Lrp8os3-201ENSMUST00000125464 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Dok2-201ENSMUST00000022698 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Tbc1d20-201ENSMUST00000028963 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Fam83h-202ENSMUST00000170153 4534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gypc-203ENSMUST00000174459 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm14029-201ENSMUST00000151051 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Irf2bpl-201ENSMUST00000038422 4098 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Jakmip1-202ENSMUST00000121010 2496 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Nelfa-201ENSMUST00000030993 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Shpk-201ENSMUST00000006105 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Cldn7-204ENSMUST00000108597 913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Sh3rf1Q69ZI1 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 70.8 ms