Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cxcl10-202ENSMUST00000118006 1353 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Lncpint-201ENSMUST00000115107 1676 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Anks1b-219ENSMUST00000182600 1697 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ankrd23-201ENSMUST00000054665 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Pkn2-201ENSMUST00000043812 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Dsg2-202ENSMUST00000120102 3590 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Klhdc4-201ENSMUST00000045884 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Homer2-206ENSMUST00000207983 1634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Rhbdl1-202ENSMUST00000183929 1349 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Flt1-202ENSMUST00000031653 6895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Col13a1-203ENSMUST00000105452 3037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ankrd10-201ENSMUST00000033905 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Nptn-211ENSMUST00000177064 582 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm27867-201ENSMUST00000184778 125 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 1700025N23Rik-201ENSMUST00000186189 915 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm36584-201ENSMUST00000209046 708 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Timm10b-211ENSMUST00000210350 529 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Nagpa-201ENSMUST00000023911 2143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mtfr1l-202ENSMUST00000116279 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ofd1-201ENSMUST00000049501 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ccdc51-201ENSMUST00000026735 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm3248-201ENSMUST00000163885 2055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ephb4-201ENSMUST00000061244 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gusb-203ENSMUST00000111308 2038 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Phf1-201ENSMUST00000073724 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mapk9-205ENSMUST00000109179 4682 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mapk9-209ENSMUST00000164643 4682 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Tmem65-201ENSMUST00000072113 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Prodh-201ENSMUST00000003620 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Pi4k2b-202ENSMUST00000031082 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Adcy3-207ENSMUST00000152065 4728 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Tekt1-202ENSMUST00000108502 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Haghl-201ENSMUST00000077938 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Arl4a-201ENSMUST00000101472 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Cnn2-202ENSMUST00000105374 926 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm15165-201ENSMUST00000118140 502 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Tpt1-205ENSMUST00000142061 996 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Auts2-212ENSMUST00000178555 309 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Msh3-205ENSMUST00000187424 666 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm42670-201ENSMUST00000201816 1292 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Zfp787-205ENSMUST00000207957 880 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
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ShhQ62226 Ccdc84-202ENSMUST00000213813 2675 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Zbtb7c-201ENSMUST00000058997 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
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ShhQ62226 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Dtx2-203ENSMUST00000111144 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Crebl2-201ENSMUST00000046303 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Paip2-201ENSMUST00000041314 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Nkapl-201ENSMUST00000068235 1463 ntAPPRIS P1 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Npcd-202ENSMUST00000089299 1453 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
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ShhQ62226 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Alox12-202ENSMUST00000108574 2314 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Il11ra1-202ENSMUST00000108040 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Wscd2-201ENSMUST00000094452 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Fhl3-201ENSMUST00000038684 1664 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Kcnq4-201ENSMUST00000030376 3919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm32996-201ENSMUST00000199828 1447 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ubr2-201ENSMUST00000113335 5691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gpd2-202ENSMUST00000112618 5759 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mapk14-201ENSMUST00000004990 3547 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mapk14-202ENSMUST00000062694 3547 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Sumo3-204ENSMUST00000129492 487 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 6430573P05Rik-202ENSMUST00000192648 597 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 AC225888.1-201ENSMUST00000227184 728 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Tmem52-201ENSMUST00000023920 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Srrd-201ENSMUST00000031289 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ndufb10-201ENSMUST00000045602 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ttll5-201ENSMUST00000040179 5081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Hebp2-203ENSMUST00000214548 2083 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Cidec-202ENSMUST00000113089 1720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Bicd2-203ENSMUST00000110085 4588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ctu1-201ENSMUST00000038332 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Krt16-201ENSMUST00000007280 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Hap1-201ENSMUST00000103124 2120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
ShhQ62226 Ppm1d-201ENSMUST00000020835 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
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