Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ikbke-204ENSMUST00000161764 2867 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tmub1-201ENSMUST00000030799 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Anks1b-219ENSMUST00000182600 1697 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ubr3-202ENSMUST00000112251 8081 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Sh2b3-201ENSMUST00000040308 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Stk33-201ENSMUST00000090414 2221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 March2-201ENSMUST00000066121 3400 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ttll9-202ENSMUST00000103155 1552 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Epm2a-201ENSMUST00000069106 3287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Mir1895-201ENSMUST00000122615 79 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm14268-201ENSMUST00000132465 682 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Zfp511-201ENSMUST00000168194 1076 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 AC154572.2-201ENSMUST00000225105 997 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Sox13-201ENSMUST00000094551 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Adnp2-201ENSMUST00000066743 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Dap3-202ENSMUST00000107491 1375 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Pycrl-201ENSMUST00000053918 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Matn4-201ENSMUST00000103103 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tsnax-201ENSMUST00000075896 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Wdr41-203ENSMUST00000160115 2851 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ccdc88a-201ENSMUST00000040182 9376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Dtx2-203ENSMUST00000111144 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Celf3-208ENSMUST00000198316 2505 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Rasip1-201ENSMUST00000057927 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tbc1d9-201ENSMUST00000034145 4631 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Disp3-201ENSMUST00000047720 5282 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Rapgef6-205ENSMUST00000108895 1829 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Golga7b-201ENSMUST00000087123 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ankrd17-202ENSMUST00000081914 8057 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Brpf1-203ENSMUST00000113121 4603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Stxbp3-205ENSMUST00000138552 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tnfrsf13c-201ENSMUST00000089161 1906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Lrrc36-206ENSMUST00000216765 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 0610025J13Rik-201ENSMUST00000131324 652 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm15246-201ENSMUST00000149873 540 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Cebpzos-202ENSMUST00000180077 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 1190007I07Rik-204ENSMUST00000183416 637 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Spr-ps1-202ENSMUST00000186281 706 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Nxnl2-201ENSMUST00000021828 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Cort-201ENSMUST00000030815 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Mrpl20-201ENSMUST00000030942 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Synpo-206ENSMUST00000130360 5159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Xpo6-213ENSMUST00000168189 4552 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ccnyl1-202ENSMUST00000114077 3281 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Fam161a-205ENSMUST00000172602 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Enah-210ENSMUST00000193074 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 9530059O14Rik-202ENSMUST00000181682 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Hap1-201ENSMUST00000103124 2120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Actr3-202ENSMUST00000178474 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Rexo1-201ENSMUST00000057910 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm10435-202ENSMUST00000162526 2878 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Leprotl1-201ENSMUST00000033910 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Fmnl3-203ENSMUST00000120633 4290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Atf7ip2-202ENSMUST00000100191 889 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Commd5-202ENSMUST00000109793 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Atf7ip2-203ENSMUST00000117220 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Xrcc2-204ENSMUST00000134972 464 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Ccdc42-203ENSMUST00000154294 1384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Luc7l2-213ENSMUST00000163047 3141 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Zdhhc23-202ENSMUST00000165648 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm2308-201ENSMUST00000166539 1004 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Enoph1-202ENSMUST00000169390 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Rabep1-208ENSMUST00000179114 1264 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tbc1d7-202ENSMUST00000179852 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm44492-201ENSMUST00000197012 141 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm42918-201ENSMUST00000199249 1580 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm45167-201ENSMUST00000208007 322 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Gm10747-201ENSMUST00000217799 1014 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Acbd6-201ENSMUST00000035560 5592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 3110082I17Rik-201ENSMUST00000066052 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col6a1Q04857 Rpl28-202ENSMUST00000078432 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26 ms