Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tom1l2-201ENSMUST00000064019 2151 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Trhde-201ENSMUST00000061632 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Tspyl2-201ENSMUST00000044509 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Gm26762-201ENSMUST00000180864 5284 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
ShhQ62226 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
ShhQ62226 A830031A19Rik-201ENSMUST00000068360 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Bnip2-201ENSMUST00000034754 2464 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Irx4-202ENSMUST00000176684 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Eml2-201ENSMUST00000048502 2275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Sbk2-202ENSMUST00000182214 2236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Scube3-201ENSMUST00000043503 6699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tox2-201ENSMUST00000099110 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm23935-201ENSMUST00000102303 57 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm24270-201ENSMUST00000102326 57 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Znhit1-204ENSMUST00000111091 1070 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Lgals3-203ENSMUST00000146468 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Znhit1-206ENSMUST00000156963 1208 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm24245-201ENSMUST00000157318 57 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm16160-201ENSMUST00000160105 781 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Zfyve21-204ENSMUST00000221375 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Asap2-201ENSMUST00000050990 3345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm15442-201ENSMUST00000117905 1527 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Adam9-204ENSMUST00000208247 4044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Arhgef2-202ENSMUST00000107510 4390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 BC037032-204ENSMUST00000155191 3291 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Slc6a8-204ENSMUST00000114467 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 2810013P06Rik-201ENSMUST00000186531 2137 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Prdm12-201ENSMUST00000113470 2471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gata6-201ENSMUST00000047762 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gramd3-201ENSMUST00000070166 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gdap1l1-203ENSMUST00000109421 1206 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Qdpr-204ENSMUST00000120867 1234 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Gm20646-202ENSMUST00000199521 660 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Brap-201ENSMUST00000031414 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Zbtb2-201ENSMUST00000100077 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 P3h1-201ENSMUST00000030393 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ly6e-201ENSMUST00000051698 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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ShhQ62226 Sptbn4-204ENSMUST00000108364 4740 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Nlk-201ENSMUST00000142739 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Rbfox2-204ENSMUST00000171751 3558 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Bend4-201ENSMUST00000169190 7935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Rgp1-203ENSMUST00000117140 1635 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Mag-203ENSMUST00000187137 2434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Evpl-201ENSMUST00000037007 6384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ifrd2-201ENSMUST00000010192 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Bhlhb9-201ENSMUST00000068755 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Aig1-202ENSMUST00000105534 617 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Etfrf1-204ENSMUST00000111723 842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Cnbp-202ENSMUST00000113617 952 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm12359-202ENSMUST00000141696 713 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm24513-201ENSMUST00000174964 138 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm26768-201ENSMUST00000181097 966 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm27397-201ENSMUST00000184997 107 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Npcd-201ENSMUST00000023060 1162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Mtus2-201ENSMUST00000071878 1211 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Gm26825-201ENSMUST00000181751 2026 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Jph4-201ENSMUST00000022819 4489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
ShhQ62226 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 67.2 ms