Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Kifc3-203ENSMUST00000169748 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Tcf24-202ENSMUST00000185184 4193 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gch1-201ENSMUST00000089959 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Rhobtb2-201ENSMUST00000022665 5322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm3928-201ENSMUST00000121141 1307 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Casd1-201ENSMUST00000015333 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gipc2-201ENSMUST00000046614 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Mef2d-201ENSMUST00000001455 5401 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Mief1-203ENSMUST00000228788 5352 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm7222-201ENSMUST00000117512 906 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm15173-201ENSMUST00000122049 433 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 4930442P19Rik-201ENSMUST00000193163 1240 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 D530014G21Rik-201ENSMUST00000208416 587 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Zfp930-203ENSMUST00000212312 493 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Hacd1-201ENSMUST00000074854 926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Col17a1-201ENSMUST00000026045 5588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Dbnl-202ENSMUST00000102928 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm36447-201ENSMUST00000201101 1978 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Disc1-201ENSMUST00000074562 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Disc1-203ENSMUST00000098311 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Ak3-201ENSMUST00000025696 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm13962-201ENSMUST00000131512 611 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Urgcp-206ENSMUST00000170116 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm20478-201ENSMUST00000173648 1031 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Pantr2-201ENSMUST00000180589 463 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm3764-206ENSMUST00000181356 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm6550-201ENSMUST00000187574 993 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm38575-201ENSMUST00000213881 652 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Ankrd23-201ENSMUST00000054665 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Inhba-202ENSMUST00000164993 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Klhdc8b-201ENSMUST00000035232 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 AC154527.4-201ENSMUST00000224364 1667 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Fubp1-205ENSMUST00000196695 2374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Cd164l2-201ENSMUST00000105910 986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Cdpf1-203ENSMUST00000134631 786 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Ndufb7-201ENSMUST00000036996 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Sf3b6-201ENSMUST00000046207 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gstt2-201ENSMUST00000038257 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Ric1-201ENSMUST00000043610 7190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Anks1-202ENSMUST00000088027 6781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Sctr-201ENSMUST00000072886 2012 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Sil1-201ENSMUST00000025215 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm38392-202ENSMUST00000165196 1303 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Lhpp-201ENSMUST00000033241 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Pnpla2-202ENSMUST00000064151 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Cactin-201ENSMUST00000050867 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 1700028B04Rik-202ENSMUST00000190841 971 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm18622-201ENSMUST00000219361 595 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm5145-201ENSMUST00000095633 837 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Socs4-201ENSMUST00000065562 6877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Bnip2-201ENSMUST00000034754 2464 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Hoxb8-201ENSMUST00000052650 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Hpcal1-201ENSMUST00000071858 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Smox-204ENSMUST00000110181 2299 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Pcdhb22-201ENSMUST00000097609 2266 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Pde3b-201ENSMUST00000032909 6573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Il7-203ENSMUST00000192202 2057 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Scamp3-203ENSMUST00000120697 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm26613-201ENSMUST00000180919 1457 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Prkar2b-202ENSMUST00000036497 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm16160-201ENSMUST00000160105 781 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm17178-201ENSMUST00000163273 357 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Gm43661-201ENSMUST00000199099 687 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Traf1P39428 4930428E07Rik-201ENSMUST00000222132 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.5 ms