Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Sectm1a-203ENSMUST00000106119 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Sirt3-201ENSMUST00000026559 1461 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ecsit-201ENSMUST00000098937 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm27920-201ENSMUST00000183953 96 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 AC238811.1-201ENSMUST00000225302 441 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 AC159006.1-201ENSMUST00000226396 258 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 1700020A23Rik-201ENSMUST00000028898 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm15823-201ENSMUST00000064305 670 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gpbar1-201ENSMUST00000077985 1075 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Trnt1-201ENSMUST00000057578 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Plxdc2-203ENSMUST00000114703 2061 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rps13-ps4-201ENSMUST00000117927 456 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rps13-ps5-201ENSMUST00000117939 456 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm15483-201ENSMUST00000120338 456 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Lce1j-202ENSMUST00000186525 703 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm29202-201ENSMUST00000191263 422 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Il13-201ENSMUST00000020650 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Tdrd12-205ENSMUST00000205407 1412 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Dlk2-203ENSMUST00000166617 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Cdadc1-201ENSMUST00000022555 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Taf6-201ENSMUST00000048698 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Coro6-205ENSMUST00000108391 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm11535-201ENSMUST00000145517 778 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm17634-201ENSMUST00000181383 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Tcta-203ENSMUST00000195615 597 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm19265-201ENSMUST00000201818 894 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Prok2-204ENSMUST00000203738 695 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Caly-201ENSMUST00000026541 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm7286-201ENSMUST00000182691 1007 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Apoa5-203ENSMUST00000213878 727 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 4933415F23Rik-201ENSMUST00000073179 1781 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Plekha1-202ENSMUST00000075181 2301 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Homer2-206ENSMUST00000207983 1634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm13392-201ENSMUST00000117708 150 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Olfr455-201ENSMUST00000171307 954 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm26904-201ENSMUST00000181301 1742 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Zyx-205ENSMUST00000203401 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Cxcr3-201ENSMUST00000056614 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Oprm1-202ENSMUST00000052751 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Oprm1-207ENSMUST00000092731 1332 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm24543-201ENSMUST00000103867 82 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm10499-201ENSMUST00000174094 934 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm5035-201ENSMUST00000215581 927 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Cela1-201ENSMUST00000023775 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Nupr1-201ENSMUST00000032961 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ccdc91-201ENSMUST00000032441 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Farp2-202ENSMUST00000122402 2816 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ldhb-201ENSMUST00000032373 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Tmem88-201ENSMUST00000050140 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm4984-201ENSMUST00000115987 360 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm26871-201ENSMUST00000180593 700 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 1700067P10Rik-201ENSMUST00000022028 794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Lncpint-201ENSMUST00000115107 1676 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rsph6a-201ENSMUST00000035521 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm5898-201ENSMUST00000121016 2071 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm15998-201ENSMUST00000135144 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm8062-201ENSMUST00000139696 444 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Snhg9-201ENSMUST00000161706 183 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Rpl18-208ENSMUST00000211061 552 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Pde6g-201ENSMUST00000026452 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Usp21-202ENSMUST00000111305 2278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Scn4aQ9ER60 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Scn4aQ9ER60 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Scn4aQ9ER60 Stk11-202ENSMUST00000105370 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Scn4aQ9ER60 Ighv8-7-201ENSMUST00000194349 297 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Scn4aQ9ER60 Tlcd2-201ENSMUST00000043598 1153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
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