Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL5A3P25940 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms