RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540925.5

USP28-209, Transcript of ubiquitin specific peptidase 28, humanhuman

TSL 4

Gene USP28, Length 561 nt, Biotype protein coding.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28-209ENST00000540925 SYNCQ9H7C4 482 aa14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 FAM204AQ9H8W3 233 aa14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 ABCB8Q9NUT2 735 aa14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 DDIT4Q9NX09 232 aa14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 MBD1Q9UIS9 605 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 GGA2Q9UJY4 613 aa14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 RAD54BQ9Y620 910 aa14.71□□□□□ -0.05
USP28-209ENST00000540925 MOCS2O96007 188 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SLC2A3P11169 496 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PABPC1P11940 636 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 NDUFV2P19404 249 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TACR2P21452 398 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CCR1P32246 355 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 GBP1P32455 592 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CD70P32970 193 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 FLT3P36888 993 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CXCR3P49682 368 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 GSCP56915 257 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CENPCQ03188 943 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SPEM2Q0P670 501 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ZNF234Q14588 700 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 RAP1GAP2Q684P5 730 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 C11orf74Q86VG3 221 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ABCA7Q8IZY2 2146 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 AHI1Q8N157 1196 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ZNF557Q8N988 423 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 UCMAQ8WVF2 138 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TTC17Q96AE7 1141 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 NAP1L5Q96NT1 182 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 HINFPQ9BQA5 517 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PDCL3Q9H2J4 239 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ANLNQ9NQW6 1124 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PIGVQ9NUD9 493 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ARHGEF38Q9NXL2 777 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 FASTKD2Q9NYY8 710 aaKnown RBP eCLIP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 INTS6Q9UL03 887 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MYO6Q9UM54 1294 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PCDHGA5Q9Y5G8 931 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 NCOR2Q9Y618 2525 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SDK1Q7Z5N4 2213 aa14.7□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 A0A1W2PQC6 194 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 M0QYT0 321 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PTMSP20962 102 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PRKCHP24723 683 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 LMAN2Q12907 356 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 E2F5Q15329 346 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CSRP2Q16527 193 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SLC25A52Q3SY17 297 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 FUT11Q495W5 492 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 C5orf22Q49AR2 442 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 FSCBQ5H9T9 825 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 FAM102AQ5T9C2 384 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SDE2Q6IQ49 451 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TRIM72Q6ZMU5 477 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CHST9Q7L1S5 443 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 IRF2BP2Q7Z5L9 587 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 METTL3Q86U44 580 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MFN1Q8IWA4 741 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ZNF683Q8IZ20 524 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CFAP52Q8N1V2 620 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 FRMD1Q8N878 549 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ATP6V0D2Q8N8Y2 350 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 RLN3Q8WXF3 142 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MYO19Q96H55 970 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MRGPRX1Q96LB2 322 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TTYH3Q9C0H2 523 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CBX8Q9HC52 389 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SEMA4GQ9NTN9 838 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 INVSQ9Y283 1065 aa14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TPRP12270 2363 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TNRC6BQ9UPQ9 1833 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ENDOD1O94919 500 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 LUC7L3O95232 432 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ADCY5O95622 1261 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 DLDP09622 509 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 COPAP53621 1224 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MTA1Q13330 715 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CAMK2GQ13555 558 aaPredicted RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 AUHQ13825 339 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 NR1I3Q14994 352 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 ELF2Q15723 593 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CLEC16AQ2KHT3 1053 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SPDYCQ5MJ68 293 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MBLAC2Q68D91 279 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MMS22LQ6ZRQ5 1243 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CHSY1Q86X52 802 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PHF13Q86YI8 300 aaPredicted RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 LGI2Q8N0V4 545 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MSANTD4Q8NCY6 345 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 PCMTD1Q96MG8 357 aaPredicted RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TBCBQ99426 244 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 CIPCQ9C0C6 399 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 MKRN2Q9H000 416 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SLC6A17Q9H1V8 727 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TMEM51Q9NW97 253 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 DLL3Q9NYJ7 618 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 STIM2Q9P246 746 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 HS3ST4Q9Y661 456 aa14.68□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 SYNJ2BP-COX16A0A087WUM0 186 aa14.67□□□□□ -0.06
USP28-209ENST00000540925 TCRBV5S1A1TA0A578 114 aa14.67□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.7 ms