RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	IER5	Q5VY09	327 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	GRAMD4	Q6IC98	578 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SPOPL	Q6IQ16	392 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PLEKHA7	Q6IQ23	1121 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TTC27	Q6P3X3	843 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ZPBP2	Q6X784	338 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ZDHHC17	Q8IUH5	632 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	CEP70	Q8NHQ1	597 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	B4GALNT2	Q8NHY0	566 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	FAM81A	Q8TBF8	368 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	FNIP1	Q8TF40	1166 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TMEM174	Q8WUU8	243 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC126	Q96EE4	140 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SRPK1	Q96SB4	655 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ILKAP	Q9H0C8	392 aa	Predicted RBP	3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PRKAG3	Q9UGI9	489 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	NOCT	Q9UK39	431 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	USP21	Q9UK80	565 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ITGA11	Q9UKX5	1188 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	COG5	Q9UP83	839 aa		3.67	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	USP34	Q70CQ2	3546 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	MAGEB16	A2A368	324 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	HACD1	B0YJ81	288 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	GOLGA8R	I6L899	631 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790		M0QYV0	167 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SLC22A2	O15244	555 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TRPA1	O75762	1119 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	IL1B	P01584	269 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	APOE	P02649	317 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	FAM58BP	P0C7Q3	252 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	KIT	P10721	976 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ADRA1D	P25100	572 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	YY1	P25490	414 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ADSL	P30566	484 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SNAP25	P60880	206 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SFSWAP	Q12872	951 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	MAMLD1	Q13495	774 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	FLOT2	Q14254	428 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	COG2	Q14746	738 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PDK1	Q15118	436 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC92	Q53HC0	331 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	FKBP1C	Q5VVH2	108 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SWSAP1	Q6NVH7	229 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	BNC2	Q6ZN30	1099 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	DHDDS	Q86SQ9	333 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	OR6Y1	Q8NGX8	325 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ACTL9	Q8TC94	416 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	RMDN2	Q96LZ7	410 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	APOL6	Q9BWW8	343 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	C1orf21	Q9H246	121 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	NGRN	Q9NPE2	291 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PCMTD2	Q9NV79	361 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PLK2	Q9NYY3	685 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	DNPEP	Q9ULA0	475 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	CDYL	Q9Y232	598 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ORC6	Q9Y5N6	252 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790		A0A1B0GUL6	1792 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	hCG_1818297	A0A087WSY0	165 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SDR42E2	A6NKP2	422 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	SIGLEC16	A6NMB1	481 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	C16orf96	A6NNT2	1141 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TMEM114	B3SHH9	223 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	OGT	O15294	1046 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	RTN3	O95197	1032 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	CHEK2	O96017	543 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	APRT	P07741	180 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	HNRNPC	P07910	306 aa	Known RBP eCLIP	3.66	□□□□□ -1.82	4e-19	■■■□□ 18.9
VMP1-216	ENST00000592790	FAM200B	P0CF97	657 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	VDR	P11473	427 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	FCGR1A	P12314	374 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PDGFRA	P16234	1089 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	PSMC3	P17980	439 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	BGN	P21810	368 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	MARCKSL1	P49006	195 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF135	P52742	658 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ABCE1	P61221	599 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	CDC42EP1	Q00587	391 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	OVGP1	Q12889	678 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	INSC	Q1MX18	579 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF568	Q3ZCX4	644 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	AASDH	Q4L235	1098 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	STXBP5	Q5T5C0	1151 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	ACBD5	Q5T8D3	534 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	METTL21C	Q5VZV1	264 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	BSPRY	Q5W0U4	402 aa		3.66	□□□□□ -1.82
VMP1-216	ENST00000592790	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		3.66	□□□□□ -1.82

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