RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000541204.5

RNF4-222, Transcript of ring finger protein 4, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene RNF4, Length 2,796 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RNF4-222	ENST00000541204	RASGRF2	O14827	1237 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	DGAT1	O75907	488 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ACOT2	P49753	483 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	AUH	Q13825	339 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SLC13A5	Q86YT5	568 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ZNF564	Q8TBZ8	553 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ART4	Q93070	314 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	IFT74	Q96LB3	600 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	NUP85	Q9BW27	656 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ELP3	Q9H9T3	547 aa		13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	NOCT	Q9UK39	431 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	LRRIQ4	A6NIV6	560 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	DNAJC8	O75937	253 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	GGPS1	O95749	300 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	HARS	P12081	509 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	RARG	P13631	454 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ATP4A	P20648	1035 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	GBP1	P32455	592 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SLMAP	Q14BN4	828 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TCEAL1	Q15170	157 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SEZ6	Q53EL9	994 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	KRT39	Q6A163	491 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TAS1R3	Q7RTX0	852 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	FAM120A	Q9NZB2	1118 aa	Known RBP eCLIP	13.36	□□□□□ -0.27	8e-7	■■□□□ 12.8
RNF4-222	ENST00000541204	SAMD15	Q9P1V8	674 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	KRT5	P13647	590 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	LIG4	P49917	911 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	EMC2	Q15006	297 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PPP1R7	Q15435	360 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SIX1	Q15475	284 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	LONRF1	Q17RB8	773 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PREPL	Q4J6C6	727 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SV2A	Q7L0J3	742 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PHLDB2	Q86SQ0	1253 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CDHR1	Q96JP9	859 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ZBTB45	Q96K62	511 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	DDX23	Q9BUQ8	820 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ZNF302	Q9NR11	478 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ANKFY1	Q9P2R3	1169 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PHIP	Q8WWQ0	1821 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PASK	Q96RG2	1323 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	LRRC14	Q15048	493 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CYP1B1	Q16678	543 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	HIBCH	Q6NVY1	386 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	EXOC3L1	Q86VI1	746 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MCPH1	Q8NEM0	835 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CXorf56	Q9H5V9	222 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	IRF6	O14896	467 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CLDN3	O15551	220 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ACSL3	O95573	720 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PGK2	P07205	417 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MARK3	P27448	753 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	WNT7B	P56706	349 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ELF3	P78545	371 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	FMO1	Q01740	532 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CYP24A1	Q07973	514 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	PDE4C	Q08493	712 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ITIH4	Q14624	930 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	E2F5	Q15329	346 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CNGA2	Q16280	664 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	FAM133B	Q5BKY9	247 aa	Known RBP	13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	WDR78	Q5VTH9	848 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	FAM71A	Q8IYT1	594 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	FBXL13	Q8NEE6	735 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MGARP	Q8TDB4	240 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ASAP3	Q8TDY4	903 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	C1orf54	Q8WWF1	131 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ZNF653	Q96CK0	615 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TMEM109	Q9BVC6	243 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	RAB20	Q9NX57	234 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	GGT7	Q9UJ14	662 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CSAD	Q9Y600	493 aa		13.35	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ATP2A1	O14983	1001 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	P4HA2	O15460	535 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MGRN1	O60291	552 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MTA2	O94776	668 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ECEL1	O95672	775 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TNNI1	P19237	187 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SSTR3	P32745	418 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	MFAP3	P55082	362 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SNX1	Q13596	522 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	XKR3	Q5GH77	459 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	GPD1L	Q8N335	351 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	NTPCR	Q9BSD7	190 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CDC42EP4	Q9H3Q1	356 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	CCDC134	Q9H6E4	229 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	TMEM8A	Q9HCN3	771 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	RLF	Q13129	1914 aa		13.34	□□□□□ -0.27
RNF4-222	ENST00000541204	FOXO6	A8MYZ6	492 aa		13.34	□□□□□ -0.27

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