RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	REC8	O95072	547 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP3A4	P08684	503 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTR2	P61160	394 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ERVK-21	P61565	698 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCB4	Q15147	1175 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PHKB	Q93100	1093 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NCOA5	Q9HCD5	579 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSWIM6	Q9HCJ5	1215 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PPFIA3	O75145	1194 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	INSRR	P14616	1297 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	IFNAR1	P17181	557 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	FGD1	P98174	961 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LPIN1	Q14693	890 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM117B	Q6P1L5	589 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ABHD15	Q6UXT9	468 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PLPPR4	Q7Z2D5	763 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MYOCD	Q8IZQ8	938 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GDPD5	Q8WTR4	605 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT8	Q92599	483 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GLG1	Q92896	1179 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TOP1MT	Q969P6	601 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ASB2	Q96Q27	587 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBED2	Q9BTP6	218 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	COL4A4	P53420	1690 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CUL9	Q8IWT3	2517 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	AMH	P03971	560 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	GHR	P10912	638 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMA5	P28066	241 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RUFY3	Q7L099	469 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RASGRP4	Q8TDF6	673 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01599	Q8WXQ3	324 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	APBB2	Q92870	758 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	LENG9	Q96B70	501 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	IFIH1	Q9BYX4	1025 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00271	P0C7V0	271 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	REXO1	Q8N1G1	1221 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SDF4	Q9BRK5	362 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf80	Q9BSJ5	609 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	INSL6	Q9Y581	213 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SI	P14410	1827 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX39A	O00148	427 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	IPO5	O00410	1097 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP4A	P20648	1035 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CIITA	P33076	1130 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	STAT5B	P51692	787 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	IGBP1	P78318	339 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS5	P82675	430 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS6	P82932	125 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TFF2	Q03403	129 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SYMPK	Q92797	1274 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	AZI2	Q9H6S1	392 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	C6orf50	Q9HD87	102 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	LMCD1	Q9NZU5	365 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEB3	A0JP26	581 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP1	P13497	986 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	NPY5R	Q15761	445 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	MCTP2	Q6DN12	878 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEB	Q6S5H4	581 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	UIMC1	Q96RL1	719 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	UPF3B	Q9BZI7	483 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	TRPC6	Q9Y210	931 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464		M0R2N6	131 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-211	ENST00000467464	GNA11	P29992	359 aa		13.6	□□□□□ -0.23

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