RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	14	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	SYCN	Q0VAF6	134 aa		13.99	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	CDC42SE2	Q9NRR3	84 aa		13.99	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	SS18	Q15532	418 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	CD164L2	Q6UWJ8	174 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	ZNF561-AS1	K7EIQ3	104 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	GATC	O43716	136 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	MRPL52	Q86TS9	123 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	MRAP2	Q96G30	205 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	ST20	Q9HBF5	79 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168	PTTG1IP	P53801	180 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USP4-208	ENST00000464168		A8MWL6	223 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	FAM210A	Q96ND0	272 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	CAMP	P49913	170 aa		13.94	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	FAM231D	Q6ZW35	169 aa		13.94	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	SLC51B	Q86UW2	128 aa		13.94	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	GAGE2B	Q13066	116 aa		13.93	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	IGLV4-69	A0A075B6H9	119 aa		13.92	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		13.92	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		13.92	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168		A0A1W2PNN7	141 aa		13.92	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	CT83	Q5H943	113 aa		13.91	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	ISOC2	Q96AB3	205 aa		13.91	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		13.9	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	TMEM250	H0YL14	139 aa		13.9	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	NUP35	Q8NFH5	326 aa		13.9	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	TMEM191A	Q9H0A3	160 aa		13.9	□□□□□ -0.18
USP4-208	ENST00000464168	C1orf196	B1AJZ1	125 aa		13.89	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	RAB4A	P20338	218 aa		13.89	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168		A0A1B0GUT8	65 aa		13.88	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	COX7A2L	O14548	114 aa		13.88	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	MAL	P21145	153 aa		13.88	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	BORCS7	Q96B45	105 aa		13.88	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	TCTE3	Q8IZS6	198 aa		13.87	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	PSORS1C2	Q9UIG4	136 aa		13.87	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	LPA	P08519	4548 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	HIGD1C	A8MV81	97 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	APOM	O95445	188 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	AMN1	Q8IY45	258 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	TSKU	Q8WUA8	353 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	CAMK2N2	Q96S95	79 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	BORCS8-MEF2B	H3BNR1	382 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	VCY	O14598	125 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	RNASE13	Q5GAN3	156 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	C2orf48	Q96LS8	159 aa		13.84	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		13.84	□□□□□ -0.19
USP4-208	ENST00000464168	TRAV13-1	A0A0B4J241	112 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	SMKR1	H3BMG3	65 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	MT-ND6	P03923	174 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	FCER1G	P30273	86 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	CEBPG	P53567	150 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	C5orf38	Q86SI9	138 aa		13.82	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	LINC01551	Q86U37	167 aa		13.81	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	NRAC	Q8N912	160 aa		13.81	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	BLOC1S1	P78537	153 aa		13.8	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	C1orf137	Q5JT78	98 aa		13.8	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	SMAGP	Q0VAQ4	97 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	SMIM7	Q9BQ49	75 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	OSTC	Q9NRP0	149 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	RNF151	Q2KHN1	245 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	ALKAL2	Q6UX46	152 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168		Q6ZUT4	128 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	KIR2DL4	Q99706	377 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP4-208	ENST00000464168	PPP1R17	O96001	155 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	SPAG11B	Q08648	103 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	RIG	Q13278	110 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168		V9GYV3	84 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	IGLV7-43	P04211	117 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	OR10D4P	Q8NGN7	298 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	EIF5A2	Q9GZV4	153 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	ZNF727	A8MUV8	499 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	PPP1R2P9	O14990	202 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	DIRC1	Q969H9	104 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	FAM104A	Q969W3	186 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	KRTAP11-1	Q8IUC1	163 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	TMEM18	Q96B42	140 aa		13.72	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP4-208	ENST00000464168		A0A087WZ39	114 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	IGHV3OR16-9	A0A0B4J2B5	98 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	FAM168B	A1KXE4	195 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	C10orf25	Q5T742	122 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	ORAOV1	Q8WV07	137 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	IMMP2L	Q96T52	175 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168		F8WDY8	70 aa		13.69	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	SRP19	P09132	144 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
USP4-208	ENST00000464168	C20orf78	Q9BR46	151 aa		13.69	□□□□□ -0.22

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