RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000535896.6

SYNE1-233, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 5

Gene SYNE1, Length 1,388 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-233	ENST00000535896	CASP7	P55210	303 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	SIK1	P57059	783 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	SCRN1	Q12765	414 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	TXNRD1	Q16881	649 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ADAL	Q6DHV7	355 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	LRRC8A	Q8IWT6	810 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	SPC24	Q8NBT2	197 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	DOCK2	Q92608	1830 aa		7.36	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	LCE2B	O14633	110 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	IKBKB	O14920	756 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	FGD1	P98174	961 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	SNW1	Q13573	536 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	CAMK4	Q16566	473 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	CEP135	Q66GS9	1140 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	CCAR1	Q8IX12	1150 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	CKAP2L	Q8IYA6	745 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ELOA2	Q8IYF1	753 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ERO1A	Q96HE7	468 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	TIGD1	Q96MW7	591 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	MYD88	Q99836	296 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	LRP5	O75197	1615 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		7.35	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	JAK2	O60674	1132 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ATP6V1A	P38606	617 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	TFCP2	Q12800	502 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC39A6	Q13433	755 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	PTPN14	Q15678	1187 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	NBPF14	Q5TI25	921 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	COPS6	Q7L5N1	327 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	FMR1NB	Q8N0W7	255 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	C17orf53	Q8N3J3	647 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	KIF18A	Q8NI77	898 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	C16orf45	Q96MC5	204 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	SIL1	Q9H173	461 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	ZMYM6	O95789	1325 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		7.34	□□□□□ -1.23
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM237A	A0A1B0GTK4	181 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896		E7EWF7	191 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896		H7C1W4	665 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NRG2	O14511	850 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	RNF113A	O15541	343 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CDKL5	O76039	1030 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCZ1B	P86790	482 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	STK3	Q13188	491 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCAR2	Q8N163	923 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	JMY	Q8N9B5	988 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SRRT	Q9BXP5	876 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	L2HGDH	Q9H9P8	463 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MORC2	Q9Y6X9	1032 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NID2	Q14112	1375 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MAST3	O60307	1309 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A087WZG4	1122 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	GOLGA6L9	A6NEM1	432 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC69	A6NI79	296 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	EYA2	O00167	538 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CBFA2T2	O43439	604 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SLU7	O95391	586 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CTDNEP1	O95476	244 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	STARD3NL	O95772	234 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SKIL	P12757	684 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ME1	P48163	572 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	LRMP	Q12912	555 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24

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