RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	P2RX4	Q99571	388 aa		6.77	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	HIST1H2BN	Q99877	126 aa		6.77	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	HIST1H2BM	Q99879	126 aa		6.77	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1D-8	A0A087WSZ0	117 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FAM223B	A6NKX1	122 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	LINC01619	G3V211	115 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285		G3V318	75 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285		G3V4G9	280 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CD3D	P04234	171 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	HSPB1	P04792	205 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	LGALS1	P09382	135 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	IGLL1	P15814	213 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ERVFC1-1	P60608	527 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ZNF674	Q2M3X9	581 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	COA6	Q5JTJ3	125 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	TMEM268	Q5VZI3	342 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CDPF1	Q6NVV7	123 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	C10orf99	Q6UWK7	81 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	TMED4	Q7Z7H5	227 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FAM223A	Q8IWN6	122 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	TMEM183A	Q8IXX5	376 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	GVQW1	Q8N7I0	195 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ISOC2	Q96AB3	205 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	MOB3A	Q96BX8	217 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SRSF8	Q9BRL6	282 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ZNF2	Q9BSG1	426 aa	Predicted RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	COMMD5	Q9GZQ3	224 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	PRO1933	Q9H354	126 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHA2	Q9HB19	425 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FKBP11	Q9NYL4	201 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	THYN1	Q9P016	225 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	WNK1	Q9H4A3	2382 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	PPP5D1	E7EU14	171 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	PROP1	O75360	226 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	OR9G9	P0C7N8	305 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SEC11B	P0C7V7	166 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	G0S2	P27469	103 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CDKN1B	P46527	198 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	RPL8	P62917	257 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	IQCJ	Q1A5X6	159 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	LRRC37A5P	Q49AS3	106 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ZNF429	Q86V71	674 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	MRAP	Q8TCY5	172 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	MYOZ3	Q8TDC0	251 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SRSF12	Q8WXF0	261 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	RAX2	Q96IS3	184 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	OR4C12	Q96R67	309 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	HIST1H2BL	Q99880	126 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A31	Q9H0C2	315 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CCL28	Q9NRJ3	127 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ZNF257	Q9Y2Q1	563 aa		6.76	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	MEIS3P1	A6NDR6	274 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	MSGN1	A6NI15	193 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	HSBP1L1	C9JCN9	74 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285		C9JQL5	133 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FCN1	O00602	326 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	PHOX2A	O14813	284 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CIDEA	O60543	219 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	KBTBD11	O94819	623 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	IGLV2-23	P01705	113 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ZNF735	P0CB33	412 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SAA1	P0DJI8	122 aa	Predicted RBP	6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	GZMB	P10144	247 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FABP4	P15090	132 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	HRH1	P35367	487 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	RPL27A	P46776	148 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	RPP30	P78346	268 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	VAX1	Q5SQQ9	334 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZRG5	221 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285		Q8N3U1	123 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CCDC71L	Q8N9Z2	235 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	TMEM167A	Q8TBQ9	72 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SCGB3A2	Q96PL1	93 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FAM103A1	Q9BTL3	118 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	RNF126	Q9BV68	326 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SCRT1	Q9BWW7	348 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ARV1	Q9H2C2	271 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	BET1L	Q9NYM9	111 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ANAPC10	Q9UM13	185 aa		6.75	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1D-13	A0A0B4J2D9	117 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	KIR2DL5B	A0A0G2JN68	375 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	KIR2DL5B	A0A0G2JPC4	375 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	C5orf51	A6NDU8	294 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	LINC00473	A8K010	186 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	OVOL1	O14753	267 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	CRYGB	P07316	175 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	IGKV1-13	P0DP09	117 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	DEFA4	P12838	97 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	F2R	P25116	425 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	UCP3	P55916	312 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ATP5G2	Q06055	141 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	FHL3	Q13643	280 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	ELOB	Q15370	118 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SOHLH1	Q5JUK2	328 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		6.74	□□□□□ -1.33
USP3-208	ENST00000558285	KIR2DL5A	Q8N109	375 aa		6.74	□□□□□ -1.33

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