RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636351.1

CLN3-247, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,292 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-247ENST00000636351 DEFB129Q9H1M3 183 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 HPS5Q9UPZ3 1129 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 GPR25O00155 361 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 IL1R1P14778 569 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 IL15P40933 162 aaPredicted RBP22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 LDLRAD1Q5T700 205 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 ATG9AQ7Z3C6 839 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 MTMR14Q8NCE2 650 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 CRBNQ96SW2 442 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 CEP126Q9P2H0 1117 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 JAG2Q9Y219 1238 aa22.03■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 PDE8BO95263 885 aa22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 UBE4AQ14139 1066 aa22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 POLA2Q14181 598 aa22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 SPRYD7Q5W111 196 aa22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 SSH3Q8TE77 659 aa22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 ZBTB4Q9P1Z0 1013 aaPredicted RBP22.02■■□□□ 1.12
CLN3-247ENST00000636351 SSC5DA1L4H1 1573 aa22.01■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 CLRN2A0PK11 232 aa22.01■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 PUM3Q15397 648 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 PKN2Q16513 984 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 CFAP100Q494V2 611 aa22.01■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 TNRC18O15417 2968 aaPredicted RBP22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 SPDYE2BA6NHP3 402 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 HMMRO75330 724 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 SURF6O75683 361 aaKnown RBP22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 SPDYE6P0CI01 402 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 NOM1Q5C9Z4 860 aaKnown RBP22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 VGLL2Q8N8G2 317 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 R3HDMLQ9H3Y0 253 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 MYO1BO43795 1136 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 IFIT1P09914 478 aaKnown RBP21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 SLC5A1P13866 664 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 FKBP1AP62942 108 aaKnown RBP21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 RPAP2Q8IXW5 612 aaPredicted RBP21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 PRMT6Q96LA8 375 aaPredicted RBP21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 VEZTQ9HBM0 779 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 PPP2R3BQ9Y5P8 575 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 AOX1Q06278 1338 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 MAP3K11Q16584 847 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 ATP2B3Q16720 1220 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 VPS37DQ86XT2 251 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 SLC10A4Q96EP9 437 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 CLMNQ96JQ2 1002 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 CFHR5Q9BXR6 569 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 PPP1R12BO60237 982 aaPredicted RBP21.97■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP21.97■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 FKTNO75072 461 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 GYG1P46976 350 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 TFCP2Q12800 502 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 CAVIN4Q5BKX8 364 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 LPIN2Q92539 896 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-247ENST00000636351 ALDH1A1P00352 501 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 SUPT20HL1Q3ZLR7 823 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 FBXO46Q6PJ61 603 aaPredicted RBP21.95■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 WNK4Q96J92 1243 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 EXOC6BQ9Y2D4 811 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 ECM29Q5VYK3 1845 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 ZBTB48P10074 688 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 FGFR2P21802 821 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 HIBADHP31937 336 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 IFNL1Q8IU54 200 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 AKAP2Q9Y2D5 859 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 FAM205AQ6ZU69 1335 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 INHBEP58166 350 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 RASA3Q14644 834 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 MFSD14BQ5SR56 506 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 SIRT2Q8IXJ6 389 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 TDRD7Q8NHU6 1098 aaKnown RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 IREB2P48200 963 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 HSP90AB4PQ58FF6 505 aa21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 ERC1Q8IUD2 1116 aa21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 FAM84BQ96KN1 310 aaPredicted RBP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 TTF2Q9UNY4 1162 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 PDE4DIPQ5VU43 2346 aa21.91■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 APBB1O00213 710 aa21.91■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 USP2O75604 605 aaPredicted RBP21.91■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 BCAMP50895 628 aa21.91■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 NEUROD6Q96NK8 337 aa21.91■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 A0A1B0GUL7 405 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 UNCXA6NJT0 531 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 SPDYE2Q495Y8 402 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 EXOC6Q8TAG9 804 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 TDRD3Q9H7E2 651 aaKnown RBP21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 ZNF70Q9UC06 446 aaPredicted RBP21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 SERPINA10Q9UK55 444 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 IQSEC3Q9UPP2 1182 aaPredicted RBP21.9■■□□□ 1.1
CLN3-247ENST00000636351 ADORA1P30542 326 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-247ENST00000636351 GJA5P36382 358 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-247ENST00000636351 TIMM10P62072 90 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-247ENST00000636351 TNFAIP1Q13829 316 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-247ENST00000636351 GORABQ5T7V8 394 aa21.89■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.2 ms