RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	BAIAP2L2	Q6UXY1	529 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZPA2	131 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	IZUMO1	Q8IYV9	350 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	PRR18	Q8N4B5	295 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	DTX3	Q8N9I9	347 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	MRGPRD	Q8TDS7	321 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	GALM	Q96C23	342 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	ST6GALNAC5	Q9BVH7	336 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	RBM38	Q9H0Z9	239 aa	Known RBP	7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	C12orf4	Q9NQ89	552 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	IFT46	Q9NQC8	304 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	IDI2-AS1	Q9NZ38	188 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	EXTL2	Q9UBQ6	330 aa		7.09	□□□□□ -1.27
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-69D	A0A0B4J2H0	117 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	KBTBD11-OT1	A0A1B0GTJ5	212 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MEX3A	A1L020	520 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FABP12	A6NFH5	140 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	HSPA12A	O43301	675 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RGS11	O94810	467 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-69	P01742	117 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RBP4	P02753	201 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MMP9	P14780	707 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	CCL3L1	P16619	93 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	KIR2DS4	P43632	304 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	IER3	P46695	156 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RPL15	P61313	204 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	PAX5	Q02548	391 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	IL18	Q14116	193 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZNF273	Q14593	569 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	KIR2DS1	Q14954	304 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	LTC4S	Q16873	150 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MOGAT2	Q3SYC2	334 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZNF260	Q3ZCT1	412 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	PLAC9	Q5JTB6	97 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MOB1B	Q7L9L4	216 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	VMO1	Q7Z5L0	202 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZNF554	Q86TJ5	538 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR10A7	Q8NGE5	316 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RFESD	Q8TAC1	157 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	COQ2	Q96H96	371 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TAF9B	Q9HBM6	251 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZNF286A	Q9HBT8	521 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	CALY	Q9NYX4	217 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZNF581	Q9P0T4	197 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FAM96B	Q9Y3D0	163 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	A3GALT2	U3KPV4	340 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	DSCAML1	Q8TD84	2053 aa		7.08	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TRAV39	A0A0B4J263	110 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	C17orf98	A8MV24	154 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TRDC	B7Z8K6	153 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SDCBP	O00560	298 aa	Predicted RBP	7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TPPP	O94811	219 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	EIF4E	P06730	217 aa	Known RBP	7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	CTXN2	P0C2S0	81 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-8	P0DP01	117 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	DTYMK	P23919	212 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R20	P59543	309 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ARPC4	P59998	168 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	PRB3	Q04118	309 aa	Predicted RBP	7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TMEM30B	Q3MIR4	351 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SPANXN2	Q5MJ10	180 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	LCE1D	Q5T752	114 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	DHRS7B	Q6IAN0	325 aa	Predicted RBP	7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FAM131A	Q6UXB0	335 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	HEPN1	Q6WQI6	88 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RTN4RL2	Q86UN3	420 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SNX29P2	Q8IUI4	249 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	C11orf44	Q8N8P7	122 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR13A1	Q8NGR1	328 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MRPL30	Q8TCC3	161 aa	Known RBP	7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MRAP	Q8TCY5	172 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FCAMR	Q8WWV6	532 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	IL1F10	Q8WWZ1	152 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A38	Q96DW6	304 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SLIRP	Q9GZT3	109 aa	Known RBP	7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SIRPD	Q9H106	197 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	DPAGT1	Q9H3H5	408 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	AUNIP	Q9H7T9	357 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SIRT7	Q9NRC8	400 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	GNG12	Q9UBI6	72 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SESN1	Q9Y6P5	492 aa		7.07	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TRBV6-6	A0A0A6YYG2	114 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRD5	423 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRF3	423 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRM7	423 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TMEM235	A6NFC5	223 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FOXI3	A8MTJ6	420 aa	Predicted RBP	7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	SULT1C2	O00338	296 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	MFNG	O00587	321 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	FCN3	O75636	299 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RBBP9	O75884	186 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	HBZ	P02008	142 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ARG1	P05089	322 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	LPL	P06858	475 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	RCC1	P18754	421 aa	Predicted RBP	7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB25	P24278	435 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	TNFSF8	P32971	234 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	OR3A3	P47888	321 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	UBE2E1	P51965	193 aa		7.06	□□□□□ -1.28
USP4-213	ENST00000488520	DLX1	P56177	255 aa		7.06	□□□□□ -1.28

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