RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	OR5F1	O95221	314 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	PPIAL4G	P0DN37	164 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	COX5B	P10606	129 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	CPT2	P23786	658 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	GDI2	P50395	445 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	PAX2	Q02962	417 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	FMOD	Q06828	376 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF154	Q13106	437 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	VMAC	Q2NL98	169 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ZMAT1	Q5H9K5	638 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	SPATA46	Q5T0L3	261 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ICA1L	Q8NDH6	482 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	AKR7L	Q8NHP1	331 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	PFN4	Q8NHR9	129 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ST7L	Q8TDW4	575 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM255B	Q8WV15	326 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	C22orf15	Q8WYQ4	148 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	SGTB	Q96EQ0	304 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	SAMD8	Q96LT4	415 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF48	Q96MX3	618 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	SIGLEC11	Q96RL6	698 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	WAC	Q9BTA9	647 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	DCAF16	Q9NXF7	216 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF69	Q9UC07	566 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	PPIAL4A	Q9Y536	164 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	TIMM10B	Q9Y5J6	103 aa		13.85	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	MCIDAS	D6RGH6	385 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	VIM	P08670	466 aa	Known RBP	13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	CCNO	P22674	350 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	PAX8	Q06710	450 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	PSG7	Q13046	419 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	FHL1	Q13642	323 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	LAPTM4A	Q15012	233 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	MTX3	Q5HYI7	312 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	AGBL2	Q5U5Z8	902 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ZER1	Q7Z7L7	766 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	CALHM3	Q86XJ0	350 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ALDH16A1	Q8IZ83	802 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	LRRC75A	Q8NAA5	344 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM239	Q8WW34	195 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	DACT3	Q96B18	629 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	C4orf45	Q96LM5	186 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	SLITRK2	Q9H156	845 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	ELOVL3	Q9HB03	270 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM106B	Q9NUM4	274 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	TBCCD1	Q9NVR7	557 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	RIMS3	Q9UJD0	308 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	AUP1	Q9Y679	476 aa		13.84	□□□□□ -0.19
CLN3-255	ENST00000637100	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	FSTL3	O95633	263 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	KITLG	P21583	273 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	LAP3	P28838	519 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PCBD1	P61457	104 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ERVK-25	P63136	954 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ENDOG	Q14249	297 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SGCA	Q16586	387 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	BEND6	Q5SZJ8	279 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100		Q6ZR03	302 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SPIC	Q8N5J4	248 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	OR10A6	Q8NH74	314 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	LRRC8C	Q8TDW0	803 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	GEMIN6	Q8WXD5	167 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MSL2	Q9HCI7	577 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	EGFL7	Q9UHF1	273 aa		13.83	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	VWF	P04275	2813 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TNFAIP6	P98066	277 aa	Predicted RBP	13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PIN1	Q13526	163 aa	Predicted RBP	13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	NANOGP8	Q6NSW7	305 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	BCL6B	Q8N143	479 aa	Predicted RBP	13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	FAM156A	Q8NDB6	213 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ABHD4	Q8TB40	342 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SLC26A7	Q8TE54	656 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RBP7	Q96R05	134 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MAN2C1	Q9NTJ4	1040 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	UBAP1	Q9NZ09	502 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	IL19	Q9UHD0	177 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	BAG5	Q9UL15	447 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SH3GLB1	Q9Y371	365 aa		13.82	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ISPD	A4D126	451 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ANGPT2	O15123	496 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	WNT2	P09544	360 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SBK2	P0C263	348 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TNFRSF1A	P19438	455 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SEC61A1	P61619	476 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	IL13RA1	P78552	427 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ZMYND11	Q15326	602 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ANKDD1A	Q495B1	522 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PDLIM3	Q53GG5	364 aa	Predicted RBP	13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ALG10	Q5BKT4	473 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	FAM205BP	Q63HN1	556 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF774	Q6NX45	483 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ARL9	Q6T311	187 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	KLHL36	Q8N4N3	616 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	NSMAF	Q92636	917 aa		13.81	□□□□□ -0.2

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