RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561505.2

CLN3-208, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLN3, Length 495 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-208ENST00000561505 MLYCDO95822 493 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MLNP12872 115 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 PAMP19021 973 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 SPNS3Q6ZMD2 512 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 LMNTD2Q8IXW0 634 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 AFAP1L2Q8N4X5 818 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 OTUD6BQ8N6M0 293 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 CD200R1Q8TD46 325 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MCOLN3Q8TDD5 553 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 ELP5Q8TE02 316 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 OR1F2PQ96R84 312 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 DMRTA2Q96SC8 542 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 UTP23Q9BRU9 249 aaKnown RBP15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 PCBD2Q9H0N5 130 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 TSR3Q9UJK0 312 aaKnown RBP15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 COMMD10Q9Y6G5 202 aa15.47■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 NF1P21359 2839 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 OR2W5A6NFC9 320 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MAGEB17A8MXT2 336 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 ASNA1O43681 348 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 LCMT2O60294 686 aaKnown RBP15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MAN1A2O60476 641 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 AVILO75366 819 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MAGEA3P43357 314 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 KCNJ1P48048 391 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MPP1Q00013 466 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 TIAL1Q01085 375 aaKnown RBP eCLIP15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 OR1C1Q15619 314 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 FCRLBQ6BAA4 426 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 SPINK14Q6IE38 97 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 ZNF227Q86WZ6 799 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 TMEM178AQ8NBL3 297 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 CAMKVQ8NCB2 501 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 MAIP1Q8WWC4 291 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 OLFM1Q99784 485 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 SGPP1Q9BX95 441 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 HES7Q9BYE0 225 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 RBSNQ9H1K0 784 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 KCNK13Q9HB14 408 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 CCDC177Q9NQR7 707 aaPredicted RBP15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 ASB1Q9Y576 335 aa15.46■□□□□ 0.07
CLN3-208ENST00000561505 E9PLN8 166 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SGK494L7N484 410 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 UQCRHP07919 91 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SP1P08047 785 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 CD46P15529 392 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 IL1RNP18510 177 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 EEF1DP29692 281 aaKnown RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SLC26A5P58743 744 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ALDH6A1Q02252 535 aaKnown RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 TSTA3Q13630 321 aaPredicted RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 USP10Q14694 798 aaKnown RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 MINDY4Q4G0A6 757 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SLC25A25Q6KCM7 469 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 PAPD4Q6PIY7 484 aaKnown RBP15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ZNF662Q6ZS27 426 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ADCK2Q7Z695 626 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 DOLPP1Q86YN1 238 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SPNS2Q8IVW8 549 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 DENND6AQ8IWF6 608 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 KCT2Q8NC54 265 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 OR4K1Q8NGD4 311 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 CCDC138Q96M89 665 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 VKORC1Q9BQB6 163 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 HOMER3Q9NSC5 361 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 CACNA1CQ13936 2221 aa15.45■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ESRRAP11474 423 aaPredicted RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 TRHRP34981 398 aaPredicted RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 COILP38432 576 aaPredicted RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 TBPL1P62380 186 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SARNPP82979 210 aaKnown RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 CUL1Q13616 776 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 DHX34Q14147 1143 aaKnown RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SFT2D3Q587I9 215 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 RNFT1Q5M7Z0 435 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ZNF470Q6ECI4 717 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 LRRC8EQ6NSJ5 796 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 LCTLQ6UWM7 567 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 UBE2R2Q712K3 238 aaPredicted RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 FGD2Q7Z6J4 655 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SLC26A11Q86WA9 606 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SLC5A8Q8N695 610 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 HORMAD2Q8N7B1 307 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 MCUQ8NE86 351 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ABHD11Q8NFV4 315 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 MAGED4Q96JG8 741 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 LPAR4Q99677 370 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 GPR21Q99679 349 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 MACROD1Q9BQ69 325 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 CLK4Q9HAZ1 481 aaKnown RBP15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 ANKHQ9HCJ1 492 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 GPAMQ9HCL2 828 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 HCN3Q9P1Z3 774 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SH3BGRL2Q9UJC5 107 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 GUCA1BQ9UMX6 200 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SH2B3Q9UQQ2 575 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 PDE10AQ9Y233 779 aa15.44■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 GTF3C1Q12789 2109 aa15.43■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 SDR42E2A6NKP2 422 aa15.43■□□□□ 0.06
CLN3-208ENST00000561505 GABRR3A8MPY1 467 aa15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33 ms