Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Trmt112-202ENSMUST00000116551 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11594-201ENSMUST00000122313 162 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26695-201ENSMUST00000180920 1251 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3764-206ENSMUST00000181356 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 5430416N02Rik-202ENSMUST00000181873 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 5830454E08Rik-202ENSMUST00000213974 744 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 AC127349.1-201ENSMUST00000224590 266 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnpll-205ENSMUST00000184635 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Anks1b-219ENSMUST00000182600 1697 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Adss-201ENSMUST00000016105 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Cygb-201ENSMUST00000021166 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sphk1-202ENSMUST00000063446 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Foxp4-203ENSMUST00000113263 3156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ttll5-201ENSMUST00000040179 5081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Cspp1-203ENSMUST00000118263 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Nploc4-202ENSMUST00000103017 4025 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 4930528D03Rik-201ENSMUST00000181528 1339 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Slc15a3-201ENSMUST00000025646 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Thap3-202ENSMUST00000105665 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 1110004F10Rik-203ENSMUST00000106608 927 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Izumo1r-201ENSMUST00000034409 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Dnph1-201ENSMUST00000046497 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Lce3f-201ENSMUST00000090863 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Met-203ENSMUST00000115443 6809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Cask-203ENSMUST00000115436 8260 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc24-201ENSMUST00000106422 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Krt6b-201ENSMUST00000023786 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Fscn1-207ENSMUST00000198017 2157 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd61-202ENSMUST00000110717 1498 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Bnip2-201ENSMUST00000034754 2464 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 B9d2-201ENSMUST00000108403 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5091-201ENSMUST00000181658 1179 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2213-201ENSMUST00000197485 688 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tle2-213ENSMUST00000146358 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Arl4c-202ENSMUST00000159814 3997 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gldc-201ENSMUST00000025778 3754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Stox2-208ENSMUST00000211737 4573 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Slc11a1-201ENSMUST00000027368 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Acp7-201ENSMUST00000040112 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Trim8-201ENSMUST00000026008 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 G3bp2-204ENSMUST00000169094 2716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Coq6-201ENSMUST00000021661 1602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Csnk1a1-206ENSMUST00000165721 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43332-201ENSMUST00000202511 1044 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 AC171004.1-201ENSMUST00000221723 664 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Pla2g10-201ENSMUST00000023364 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Msl1-201ENSMUST00000037915 4593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Romo1-201ENSMUST00000088610 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gbx1-201ENSMUST00000088311 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Pnpt1-201ENSMUST00000020756 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ak3-201ENSMUST00000025696 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a2-201ENSMUST00000058635 1369 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Mapk8ip3-208ENSMUST00000121787 5431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Eda-209ENSMUST00000113783 4930 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Mag-203ENSMUST00000187137 2434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Ccdc3Q9D6Y1 Phf1-201ENSMUST00000073724 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.2 ms