Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 D430041D05Rik-201ENSMUST00000089726 10124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Mef2d-203ENSMUST00000107559 1791 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Scin-201ENSMUST00000002640 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Serac1-201ENSMUST00000024570 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Rnf150-201ENSMUST00000078525 9682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Slc43a1-201ENSMUST00000028469 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Zfp451-201ENSMUST00000019861 3958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm5934-201ENSMUST00000120734 2588 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm43509-201ENSMUST00000196551 2594 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm37019-201ENSMUST00000192133 2134 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 9430015G10Rik-208ENSMUST00000169550 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Prrx1-202ENSMUST00000075805 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Stard5-201ENSMUST00000075418 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 B4galt3-201ENSMUST00000064272 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Glmn-201ENSMUST00000078021 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gatad2a-203ENSMUST00000177851 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Slc16a6-202ENSMUST00000070152 4219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Pik3ap1-201ENSMUST00000059672 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Sorbs1-208ENSMUST00000224247 2688 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm17807-201ENSMUST00000186869 298 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ndufs7-201ENSMUST00000020361 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm18669-201ENSMUST00000216049 778 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Rbm26-201ENSMUST00000022715 3633 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ikzf5-202ENSMUST00000121033 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Camta1-203ENSMUST00000105668 4962 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Evx1os-201ENSMUST00000125305 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Btd-201ENSMUST00000090147 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tle3-218ENSMUST00000178113 5205 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Fem1a-201ENSMUST00000060253 6816 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Nup98-205ENSMUST00000211022 3132 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lire1P11260 C2cd2l-206ENSMUST00000214602 2808 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Kctd14-205ENSMUST00000206279 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Maged2-201ENSMUST00000026302 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Itga3-201ENSMUST00000001548 4861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Sap18-202ENSMUST00000111268 662 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Insl3-201ENSMUST00000034261 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Piezo1-209ENSMUST00000156333 8219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Piezo1-201ENSMUST00000067252 8216 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Hist1h2ac-201ENSMUST00000171127 2482 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Arhgap44-201ENSMUST00000047463 4074 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 P2ry1-203ENSMUST00000193943 2203 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Tmem198b-201ENSMUST00000051011 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Lire1P11260 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Zfp202-203ENSMUST00000168832 3329 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Ubc-203ENSMUST00000156249 2581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Chtop-205ENSMUST00000107343 3118 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Hectd3-201ENSMUST00000050067 4583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Spred1-201ENSMUST00000028829 6016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Hnrnph3-203ENSMUST00000119814 682 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Pld6-202ENSMUST00000125307 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Nt5c1a-201ENSMUST00000068262 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 C1qbp-201ENSMUST00000078528 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Ggnbp2-203ENSMUST00000108081 3034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Uck2-202ENSMUST00000053686 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Rusc2-207ENSMUST00000131668 5093 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.2 ms