Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44492-201ENSMUST00000197012 141 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufaf2-202ENSMUST00000223734 556 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp25-201ENSMUST00000039601 821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh1a3-203ENSMUST00000174209 1496 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Tesk1-201ENSMUST00000060864 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Asf1b-201ENSMUST00000005607 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Mta1-201ENSMUST00000009099 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12689-201ENSMUST00000094955 1359 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Capn1-201ENSMUST00000025891 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp821-203ENSMUST00000212000 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15920-201ENSMUST00000118998 402 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27177-205ENSMUST00000184792 706 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37335-201ENSMUST00000192656 447 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Acaa2-201ENSMUST00000041053 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Pitx2-203ENSMUST00000106382 1757 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Prrg2-208ENSMUST00000210690 1623 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Utp18-201ENSMUST00000066888 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Mllt11-201ENSMUST00000065482 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Cnbp-203ENSMUST00000113619 1661 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt3-201ENSMUST00000064272 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem253-201ENSMUST00000100638 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h4k-201ENSMUST00000102983 312 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Tma7-203ENSMUST00000192801 386 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30097-202ENSMUST00000194580 329 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45231-201ENSMUST00000208629 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk16-201ENSMUST00000024155 916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Lzts2-203ENSMUST00000179108 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ccdc88bQ4QRL3 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl10b-204ENSMUST00000175848 3249 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rnase10-202ENSMUST00000164632 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Trmu-201ENSMUST00000023019 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc9c-201ENSMUST00000088092 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Slc15a3-201ENSMUST00000025646 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Akp-ps1-202ENSMUST00000212812 1959 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc68-201ENSMUST00000043929 1618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Dhdds-203ENSMUST00000105886 1015 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12892-201ENSMUST00000117367 1146 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Msrb2-201ENSMUST00000023856 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap1-206ENSMUST00000133717 2355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxc9-201ENSMUST00000001706 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Fars2-201ENSMUST00000021857 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mael-202ENSMUST00000194057 1691 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13375-201ENSMUST00000126967 854 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cdpf1-201ENSMUST00000071876 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Zpbp2-204ENSMUST00000107511 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Jakmip1-202ENSMUST00000121010 2496 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Dpys-201ENSMUST00000022915 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Evx2-201ENSMUST00000001867 4191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cfap69-205ENSMUST00000135252 2188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ak3-201ENSMUST00000025696 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gemin7-204ENSMUST00000122055 609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 H2-T23-201ENSMUST00000102678 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 A930017K11Rik-201ENSMUST00000162431 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 1700001O22Rik-201ENSMUST00000050003 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ate1-203ENSMUST00000094017 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7787-201ENSMUST00000216858 688 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lman1-202ENSMUST00000120461 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Plaa-201ENSMUST00000107107 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Etv5-201ENSMUST00000079601 3975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2l1-202ENSMUST00000107657 3869 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Papd4-201ENSMUST00000048702 2990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Trim7-202ENSMUST00000109213 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gpc5-202ENSMUST00000175665 2187 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ccbe1-202ENSMUST00000130300 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 4933426K07Rik-201ENSMUST00000143009 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lypd1-201ENSMUST00000027582 1447 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Plcxd1-201ENSMUST00000086687 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Hbs1l-203ENSMUST00000092674 2625 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Pfkfb4-203ENSMUST00000198140 3488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cnot9-201ENSMUST00000087215 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl13-ps5-201ENSMUST00000117813 630 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11795-201ENSMUST00000127180 396 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt6-208ENSMUST00000146324 1264 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1b-201ENSMUST00000029531 647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Pdk3-201ENSMUST00000045748 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.2 ms