Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Slc45a4-204ENSMUST00000132607 2457 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Grin3b-201ENSMUST00000045085 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ints3-202ENSMUST00000071488 4038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ccdc166-201ENSMUST00000182172 2584 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tbl1x-201ENSMUST00000088217 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Eepd1-201ENSMUST00000040677 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Lsm12-202ENSMUST00000107156 2015 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Zfp384-207ENSMUST00000112427 3072 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm13420-201ENSMUST00000129574 1091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm17971-201ENSMUST00000190239 806 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gadd45gip1-201ENSMUST00000036734 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Fam131c-201ENSMUST00000006380 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Stxbp1-201ENSMUST00000050000 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ssfa2-202ENSMUST00000111785 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Hs3st5-203ENSMUST00000168572 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tmem33-204ENSMUST00000161369 6164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gata4-202ENSMUST00000118022 3374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm28496-202ENSMUST00000137742 2752 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Midn-202ENSMUST00000099492 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Cspg5-204ENSMUST00000197850 7868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ccdc50-203ENSMUST00000100026 7089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tcf25-205ENSMUST00000212470 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Dgkq-201ENSMUST00000053913 4938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Fam129c-208ENSMUST00000143662 2267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Krtap1-4-201ENSMUST00000100479 593 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Slc29a1-202ENSMUST00000064889 1988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Slc52a3-203ENSMUST00000109859 2204 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Kif12-201ENSMUST00000030042 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Kcnt1-213ENSMUST00000198204 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Kdm6b-201ENSMUST00000094077 6654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ctage5-213ENSMUST00000176464 4434 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Anks1b-231ENSMUST00000183136 2786 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Klhdc8b-207ENSMUST00000193286 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Agbl5-213ENSMUST00000201917 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Blvrb-204ENSMUST00000133750 509 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm26889-201ENSMUST00000181523 2252 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Zfp316-202ENSMUST00000161448 6891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ppp4r3a-201ENSMUST00000048305 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Fam8a1-201ENSMUST00000099547 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Chgb-201ENSMUST00000028826 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Tm9sf1-205ENSMUST00000122358 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Map4-201ENSMUST00000035055 6091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Lire1P11260 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21 ms