Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LRRIQ1-202ENST00000393217 5394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.51□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-269P-201ENST00000391077 97 ntBASIC1.51□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 SNORD18A-201ENST00000363753 72 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-716P-201ENST00000365621 103 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 MIR521-2-201ENST00000384818 87 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNA5SP47-201ENST00000517230 109 ntBASIC1.5□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 MIR96-201ENST00000362288 78 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-42P-201ENST00000384165 107 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 SNORD89-201ENST00000390981 114 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 MIR548L-201ENST00000408303 86 ntBASIC1.49□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-1184P-201ENST00000384588 108 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 MIR548C-201ENST00000384815 97 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 MIR150-201ENST00000385048 84 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 SNORD12-201ENST00000391002 90 ntBASIC1.48□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU1-93P-201ENST00000364704 169 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-302P-201ENST00000365249 107 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-1162P-201ENST00000384443 104 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-808P-201ENST00000391233 108 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 RNU6-135P-201ENST00000516769 101 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 MIR7974-201ENST00000615835 79 ntBASIC1.47□□□□□ -2.17
TRIM28Q13263 CEP162-202ENST00000403245 5156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.46□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 Y_RNA.250-201ENST00000364542 110 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNA5SP484-201ENST00000458857 111 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU6-469P-201ENST00000516253 101 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR3678-201ENST00000578455 94 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 U2.7-201ENST00000619197 100 ntBASIC1.46□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU6-1312P-201ENST00000362425 108 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORD105-201ENST00000386910 85 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 Y_RNA.633-201ENST00000459107 95 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU7-174P-201ENST00000516248 59 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNA5SP220-201ENST00000516298 104 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 HOXA11-AS1_6.1-201ENST00000620092 179 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 U4.4-201ENST00000620626 117 ntBASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 HIF1A-204ENST00000539097 3956 ntTSL 1 (best) BASIC1.45□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORD114-4-201ENST00000363962 75 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORD114-22-201ENST00000365423 72 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORA8.2-201ENST00000384372 139 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU6-1110P-201ENST00000516462 101 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR6734-201ENST00000621166 68 ntBASIC1.44□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNA5SP327-201ENST00000362494 101 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORA33.1-201ENST00000364957 130 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORD26-201ENST00000384147 75 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR222-201ENST00000384992 110 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR517B-201ENST00000385102 67 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 U7.7-201ENST00000459276 60 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNA5SP480-201ENST00000516840 109 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR4452-201ENST00000583004 71 ntBASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 ZNF518A-210ENST00000624776 7994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.43□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU6-955P-201ENST00000410497 104 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 UBL4A-207ENST00000630530 102 ntTSL 5 BASIC1.42□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR6767-201ENST00000637302 66 ntBASIC1.42□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 ABCA5-201ENST00000392676 8220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.42□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU6-698P-201ENST00000363523 107 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 RNU6-34P-201ENST00000364874 107 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 SNORA25-201ENST00000384384 134 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR652-201ENST00000385278 98 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 AC021146.9-201ENST00000512503 156 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR3612-201ENST00000579753 87 ntBASIC1.41□□□□□ -2.18
TRIM28Q13263 MIR26B-201ENST00000362251 77 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 Y_RNA.125-201ENST00000363371 111 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 RNU6-939P-201ENST00000384634 107 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SCARNA16.5-201ENST00000517114 183 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 AC087277.2-201ENST00000533203 151 ntTSL 5 BASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR548AD-201ENST00000584780 82 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR4295-201ENST00000585286 85 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 AL162376.1-201ENST00000624117 175 ntBASIC1.4□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR582-201ENST00000365731 98 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORD113-2-201ENST00000391082 72 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR548AE1-201ENST00000583292 70 ntBASIC1.39□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR573-201ENST00000384964 99 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 AC087343.1-201ENST00000477341 475 ntBASIC1.38□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORA25.8-201ENST00000364831 128 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORA15B-2-201ENST00000384058 135 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORA15B-1-201ENST00000384334 135 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 Y_RNA.540-201ENST00000384638 111 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORA41B-201ENST00000384785 128 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORD124-201ENST00000459577 104 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SCARNA17.3-201ENST00000516381 125 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR6828-201ENST00000636181 60 ntBASIC1.37□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 Y_RNA.325-201ENST00000365171 122 ntBASIC1.36□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 TRAJ3-201ENST00000390534 62 ntAPPRIS P1 BASIC1.36□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORA36.1-201ENST00000363424 132 ntBASIC1.35□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 RNU4-88P-201ENST00000411220 86 ntBASIC1.35□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 FABP5P4-201ENST00000437203 171 ntBASIC1.35□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 LINC01984-201ENST00000583863 301 ntTSL 3 BASIC1.35□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 Y_RNA.407-201ENST00000383986 113 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 RNU6-1246P-201ENST00000391064 107 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 MIR548E-201ENST00000408287 88 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 CCDC68-202ENST00000432185 4014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.34□□□□□ -2.19
TRIM28Q13263 SNORD114-27-201ENST00000363766 70 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 SNORA63.6-201ENST00000364921 119 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 MIR19B1-201ENST00000384829 87 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 SNORD114-26-201ENST00000363543 72 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 Y_RNA.246-201ENST00000364495 108 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 RNU6-520P-201ENST00000384717 104 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 MIR520E-201ENST00000384867 87 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 MIR4473-201ENST00000583731 91 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 AC092071.1-201ENST00000597260 549 ntTSL 5 BASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 SNORD114-21-201ENST00000606412 72 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
TRIM28Q13263 uc_338.10-201ENST00000621872 182 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
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