Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC106800.4-201ENST00000614905 153 ntBASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 NPAT-201ENST00000278612 6117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.03□□□□□ -2.08
USP4Q13107 Y_RNA.565-201ENST00000384719 101 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
USP4Q13107 SUMO2P12-201ENST00000405924 140 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AL591704.2-201ENST00000421658 181 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
USP4Q13107 MIR5089-201ENST00000580047 84 ntBASIC2.02□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AC032019.2-201ENST00000584916 403 ntTSL 5 BASIC2.02□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU6-1260P-201ENST00000362944 107 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 MIR519A1-201ENST00000385257 85 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU6-380P-201ENST00000410207 107 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AL606490.4-201ENST00000423117 127 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 FGF7P7-201ENST00000514120 227 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU7-40P-201ENST00000516397 64 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU6-448P-201ENST00000517052 107 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 FAS-AS1.1-201ENST00000615327 126 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 TRDV1-202ENST00000621643 102 ntBASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 TEX15-203ENST00000638951 11341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.01□□□□□ -2.09
USP4Q13107 GNPDA2-204ENST00000509756 5382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2□□□□□ -2.09
USP4Q13107 Y_RNA.42-201ENST00000362660 108 ntBASIC2□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNA5SP489-201ENST00000410986 109 ntBASIC2□□□□□ -2.09
USP4Q13107 MIR4676-201ENST00000583078 72 ntBASIC2□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU6-364P-201ENST00000384387 107 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU6-910P-201ENST00000390844 107 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 SNORD90-201ENST00000391145 111 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU7-21P-201ENST00000459430 62 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 Y_RNA.660-201ENST00000516002 120 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 RNU6-902P-201ENST00000517212 91 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AL645939.4-201ENST00000604495 135 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 hsa-mir-3158-1.1-201ENST00000637571 81 ntBASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 SI-201ENST00000264382 6011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.99□□□□□ -2.09
USP4Q13107 SNORD77.2-201ENST00000391045 68 ntBASIC1.98□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AC003989.2-201ENST00000440224 169 ntBASIC1.98□□□□□ -2.09
USP4Q13107 SNORA80D-201ENST00000384488 135 ntBASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 SNORA40.18-201ENST00000391200 128 ntBASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AC138907.6-201ENST00000568401 126 ntBASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AC138869.1-201ENST00000568623 124 ntBASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 Y_RNA.788-201ENST00000622394 112 ntBASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 C16orf97-206ENST00000622950 415 ntTSL 2 BASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 AC027335.2-201ENST00000624030 375 ntBASIC1.97□□□□□ -2.09
USP4Q13107 Y_RNA.239-201ENST00000364444 113 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
USP4Q13107 RNU6-535P-201ENST00000384722 107 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
USP4Q13107 MIR599-201ENST00000385069 95 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
USP4Q13107 MIR9-3-201ENST00000385084 90 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
USP4Q13107 TRAJ49-201ENST00000390488 56 ntAPPRIS P1 BASIC1.96□□□□□ -2.1
USP4Q13107 MIR938-201ENST00000401216 83 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
USP4Q13107 RNU6ATAC8P-201ENST00000408460 126 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
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USP4Q13107 TP73-AS1.1-201ENST00000611447 161 ntBASIC1.96□□□□□ -2.1
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USP4Q13107 RNU1-17P-201ENST00000363022 152 ntBASIC1.95□□□□□ -2.1
USP4Q13107 RNA5SP245-201ENST00000364239 121 ntBASIC1.95□□□□□ -2.1
USP4Q13107 AC097635.1-201ENST00000450678 155 ntBASIC1.95□□□□□ -2.1
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USP4Q13107 Y_RNA.338-201ENST00000365320 114 ntBASIC1.94□□□□□ -2.1
USP4Q13107 Y_RNA.545-201ENST00000384652 105 ntBASIC1.94□□□□□ -2.1
USP4Q13107 RNU7-102P-201ENST00000458948 62 ntBASIC1.94□□□□□ -2.1
USP4Q13107 AC139453.2-201ENST00000487255 133 ntBASIC1.94□□□□□ -2.1
USP4Q13107 MIR3122-201ENST00000577243 73 ntBASIC1.94□□□□□ -2.1
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USP4Q13107 snoU13.17-201ENST00000458802 104 ntBASIC1.93□□□□□ -2.1
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USP4Q13107 SYT14-201ENST00000367015 5094 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.93□□□□□ -2.1
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USP4Q13107 RNU7-56P-201ENST00000458744 62 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP4Q13107 SNORA70.22-201ENST00000517160 124 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC008608.1-201ENST00000603910 127 ntBASIC1.9□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR1-1-201ENST00000362147 71 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR520H-201ENST00000385126 88 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU1-119P-201ENST00000391122 165 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 Y_RNA.596-201ENST00000410462 109 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 SNORA25.15-201ENST00000516487 89 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-807P-201ENST00000516805 107 ntBASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC068733.3-201ENST00000632757 269 ntTSL 3 BASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 KTN1-205ENST00000395314 4618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC1.89□□□□□ -2.11
USP4Q13107 ZGRF1-203ENST00000445203 6529 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MBNL3-212ENST00000538204 11294 ntTSL 1 (best) BASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 Y_RNA.12-201ENST00000362393 112 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 Y_RNA.532-201ENST00000384590 113 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC004223.1-201ENST00000479840 271 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR4255-201ENST00000579351 72 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AL157834.3-201ENST00000615543 103 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 DLEU2_3.1-201ENST00000620005 73 ntBASIC1.88□□□□□ -2.11
USP4Q13107 LINC00643-201ENST00000334389 3247 ntTSL 2 BASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 FSD1L-201ENST00000374707 7062 ntTSL 1 (best) BASIC1.87□□□□□ -2.11
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