Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Insl3-201ENSMUST00000034261 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Kri1-205ENSMUST00000184326 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Agfg1-208ENSMUST00000190052 2991 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Fam83f-201ENSMUST00000023044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Tor1b-201ENSMUST00000028199 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Syt6-202ENSMUST00000117221 4394 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Patz1-205ENSMUST00000110043 3702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Dnajc2-204ENSMUST00000115195 1994 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Smad1-203ENSMUST00000109885 3775 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Srpr-201ENSMUST00000034541 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 BC048679-203ENSMUST00000207871 567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Tgfb1i1-205ENSMUST00000165667 1812 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Mapk14-204ENSMUST00000114754 3592 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Wac-215ENSMUST00000171042 2205 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Sbk2-202ENSMUST00000182214 2236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Apbb1-205ENSMUST00000187057 1630 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Npm1-201ENSMUST00000075641 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Dab2ip-202ENSMUST00000091010 6455 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Zbtb2-201ENSMUST00000100077 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Lca5l-202ENSMUST00000113804 3162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gramd3-201ENSMUST00000070166 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Secisbp2-202ENSMUST00000110044 1915 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Shank1-202ENSMUST00000107935 6649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Mff-212ENSMUST00000162003 2087 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Sap18-202ENSMUST00000111268 662 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Zfp668-201ENSMUST00000054415 5768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Zfp281-202ENSMUST00000112046 4937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Tnfaip2-202ENSMUST00000109792 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 App-203ENSMUST00000226801 3299 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ogfr-201ENSMUST00000029087 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 March8-201ENSMUST00000079012 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 E530011L22Rik-201ENSMUST00000181325 5282 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Fam214a-202ENSMUST00000170846 4355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Ly6e-201ENSMUST00000051698 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Pick1-202ENSMUST00000053926 2415 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trim3Q9R1R2 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Trim3Q9R1R2 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trim3Q9R1R2 Wdr55-201ENSMUST00000049323 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trim3Q9R1R2 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Trim3Q9R1R2 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 75.7 ms