Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Plaa-201ENSMUST00000107107 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Glis1-201ENSMUST00000046005 2906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gnb2-203ENSMUST00000111023 1471 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Fam171a1-203ENSMUST00000091505 3449 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Pisd-201ENSMUST00000061895 2183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm38119-201ENSMUST00000192027 755 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 AC153556.1-201ENSMUST00000215135 794 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Rhog-201ENSMUST00000098230 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm28265-201ENSMUST00000188201 2319 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Zfp24-203ENSMUST00000153337 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Chrna4-201ENSMUST00000067120 4565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Gm8189-202ENSMUST00000211035 2039 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 2810410L24Rik-202ENSMUST00000155681 2615 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Erich2-203ENSMUST00000134607 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Wdr12-202ENSMUST00000117438 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
ShhQ62226 Arhgef10l-203ENSMUST00000097820 4382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Unc5a-201ENSMUST00000026994 3995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Plpp6-201ENSMUST00000045674 2859 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Iqsec1-202ENSMUST00000101153 8036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Dlgap1-201ENSMUST00000060072 5420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Snph-203ENSMUST00000109875 4910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Dach1-201ENSMUST00000069334 5063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Abhd16a-201ENSMUST00000007251 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Zdhhc1-203ENSMUST00000212303 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sox14-201ENSMUST00000054819 2065 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tubg1-201ENSMUST00000043680 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Fbxo17-203ENSMUST00000108279 1563 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Dyx1c1-201ENSMUST00000034734 1975 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Wnt1-201ENSMUST00000023734 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sphk1-202ENSMUST00000063446 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Prpf40b-212ENSMUST00000145482 3308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Gm45412-201ENSMUST00000210217 2275 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Gps1-207ENSMUST00000172809 2000 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Scin-201ENSMUST00000002640 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Wipi2-201ENSMUST00000036872 5171 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Slc8a3-202ENSMUST00000085238 4927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Wdr41-203ENSMUST00000160115 2851 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sdf4-203ENSMUST00000105578 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
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ShhQ62226 Gm43575-201ENSMUST00000196420 516 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
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ShhQ62226 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Was-201ENSMUST00000033505 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Dusp14-205ENSMUST00000164891 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Secisbp2-202ENSMUST00000110044 1915 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Cep152-201ENSMUST00000089776 5768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Poli-203ENSMUST00000159389 2662 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tcf24-202ENSMUST00000185184 4193 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tle2-213ENSMUST00000146358 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Zic3-202ENSMUST00000088629 1951 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Tgfb1i1-205ENSMUST00000165667 1812 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sash1-201ENSMUST00000015449 7183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
ShhQ62226 Clasrp-201ENSMUST00000086041 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
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