Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Trim39-203ENSMUST00000113706 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Olfr1232-201ENSMUST00000099785 936 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Fgfr4-201ENSMUST00000005452 3324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tcf3-201ENSMUST00000020377 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tmem8b-203ENSMUST00000107866 4998 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Rab10-201ENSMUST00000021001 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Ccdc13-202ENSMUST00000135986 2640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Sesn1-202ENSMUST00000099931 3809 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Mettl16-201ENSMUST00000010698 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Paxbp1-202ENSMUST00000118522 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Arpp19-201ENSMUST00000007800 4046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 2810474O19Rik-209ENSMUST00000189932 5269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Cobl-203ENSMUST00000109651 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Osbpl1a-206ENSMUST00000121774 2931 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Zbtb11-201ENSMUST00000050248 4920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Eda-206ENSMUST00000113779 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Hs3st5-201ENSMUST00000058738 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Galt-202ENSMUST00000108038 1859 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Abhd3-203ENSMUST00000117828 1962 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Rnf145-201ENSMUST00000019333 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Haus3-201ENSMUST00000060049 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm2431-201ENSMUST00000171531 519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm28793-201ENSMUST00000190845 413 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Rnf138-202ENSMUST00000072847 3002 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Wt1-201ENSMUST00000111098 2395 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Lrrc56-203ENSMUST00000084446 2390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Cables1-202ENSMUST00000171109 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Ocln-205ENSMUST00000160859 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Por-202ENSMUST00000122113 2606 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Myb-203ENSMUST00000188495 3693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Nectin2-201ENSMUST00000075447 2735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Ppp1r37-201ENSMUST00000058444 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Nanos1-201ENSMUST00000088237 3927 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Cd164-201ENSMUST00000019962 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Smarcd1-201ENSMUST00000023759 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Ccdc158-204ENSMUST00000151180 3352 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tcf3-203ENSMUST00000105339 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Kpna4-203ENSMUST00000194558 3726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Slc35c1-202ENSMUST00000125276 2668 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Kif1c-201ENSMUST00000072187 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Cdc42se2-201ENSMUST00000064104 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Npdc1-202ENSMUST00000071442 1485 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Bend4-201ENSMUST00000169190 7935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Slc25a39-201ENSMUST00000018821 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Slc25a20-201ENSMUST00000035222 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Acss3-201ENSMUST00000044668 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Fam83h-202ENSMUST00000170153 4534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Fyn-202ENSMUST00000099967 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Cacna1i-202ENSMUST00000160424 9781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Strn4-202ENSMUST00000108495 3082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tead4-201ENSMUST00000006311 3076 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Tead3-206ENSMUST00000156862 2573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Micall1-201ENSMUST00000040320 6701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Matn1-201ENSMUST00000102576 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Dok2-201ENSMUST00000022698 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Col28a1Q2UY11 Zdhhc8-201ENSMUST00000076957 4867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.5 ms