Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-1270P-201ENST00000517128 108 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 AC109810.1-201ENST00000534066 224 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MRPS18CP4-201ENST00000535821 231 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 MIR3668-201ENST00000582138 75 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 HSPE1P19-201ENST00000603327 295 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 FTX_2.1-201ENST00000618816 94 ntBASIC0.91□□□□□ -2.26
SHHQ15465 Y_RNA.398-201ENST00000383952 99 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-886P-201ENST00000384319 105 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-424P-201ENST00000384367 105 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR526A2-201ENST00000390198 65 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-578P-201ENST00000390980 103 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD28B-201ENST00000390993 75 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORA31.4-201ENST00000516049 129 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AP002004.2-201ENST00000531656 154 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 LINC02277-202ENST00000556472 453 ntTSL 3 BASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR4709-201ENST00000577272 72 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC008507.4-201ENST00000585464 127 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 uc_338.4-201ENST00000616635 176 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR8065-201ENST00000620577 100 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 LINC01068-202ENST00000620874 626 ntTSL 3 BASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR6835-201ENST00000621552 64 ntBASIC0.9□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AL391516.1-201ENST00000554380 2449 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR330-201ENST00000362196 94 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.7-201ENST00000362352 102 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.29-201ENST00000362570 113 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU1-124P-201ENST00000363861 145 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-268P-201ENST00000364174 107 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-1082P-201ENST00000364574 107 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD61-201ENST00000384252 73 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORA20-201ENST00000384662 132 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR508-201ENST00000384857 115 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR520G-201ENST00000385064 90 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR616-201ENST00000385293 97 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR1197-201ENST00000408818 88 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-938P-201ENST00000411285 103 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AL135923.1-201ENST00000413066 196 ntTSL 3 BASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 PGBD4P5-201ENST00000445958 426 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SUMO1P2-201ENST00000452524 304 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU7-120P-201ENST00000459334 63 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU7-25P-201ENST00000516544 62 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD45.4-201ENST00000516629 73 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU7-116P-201ENST00000516940 62 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR4711-201ENST00000578274 70 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR3684-201ENST00000579779 74 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR4744-201ENST00000581563 82 ntBASIC0.89□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.66-201ENST00000362862 102 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-209P-201ENST00000384118 107 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-187P-201ENST00000384139 106 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU4-70P-201ENST00000384579 139 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-768P-201ENST00000384683 107 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR15B-201ENST00000385045 98 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 TRAJ47-201ENST00000390490 57 ntAPPRIS P1 BASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNA5SP127-201ENST00000411051 133 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC006461.1-201ENST00000412637 326 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AL121914.1-201ENST00000450188 156 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC068658.1-201ENST00000507509 388 ntTSL 2 BASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.797-201ENST00000515977 94 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU7-12P-201ENST00000516030 62 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD77.4-201ENST00000516158 81 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU7-40P-201ENST00000516397 64 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNA5SP404-201ENST00000517118 132 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU7-181P-201ENST00000517234 74 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC090142.3-201ENST00000519012 385 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC036111.3-201ENST00000526389 112 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR3664-201ENST00000579074 99 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC120024.3-201ENST00000603167 156 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AL365434.2-201ENST00000607979 234 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Pinc.1-201ENST00000616452 154 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 CCDC68-202ENST00000432185 4014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.88□□□□□ -2.27
SHHQ15465 ZGRF1-202ENST00000309071 3347 ntTSL 1 (best) BASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.170-201ENST00000363746 110 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 U8.5-201ENST00000364528 136 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.634-201ENST00000364811 113 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-275P-201ENST00000364910 107 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.785-201ENST00000384290 109 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-163P-201ENST00000384396 106 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR518F-201ENST00000384973 87 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-1248P-201ENST00000391096 64 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AF228730.3-201ENST00000436691 102 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RN7SKP164-201ENST00000516138 266 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD36C-201ENST00000516733 66 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RN7SKP88-201ENST00000516847 250 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 MIR4762-201ENST00000585261 75 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 7SK.8-201ENST00000612110 250 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 7SK.11-201ENST00000615477 250 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 7SK.13-201ENST00000622040 250 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 AC027335.2-201ENST00000624030 375 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD3E-202ENST00000627253 216 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-1084P-201ENST00000362498 107 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.240-201ENST00000364469 95 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-1187P-201ENST00000364771 110 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-144P-201ENST00000383951 107 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 Y_RNA.547-201ENST00000384654 119 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SNORD41-201ENST00000386967 70 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 TRAJ3-201ENST00000390534 62 ntAPPRIS P1 BASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-131P-201ENST00000391144 107 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-394P-201ENST00000410735 107 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 SUMO1P3-201ENST00000439961 304 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 HAR1A.1-201ENST00000459583 118 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
SHHQ15465 RNU6-922P-201ENST00000516753 99 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
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