| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.54-201 | ENST00000362766 | 105 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.82-201 | ENST00000363000 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.92-201 | ENST00000363043 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD27-201 | ENST00000363981 | 72 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.235-201 | ENST00000364412 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.306-201 | ENST00000365015 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.312-201 | ENST00000365089 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.322-201 | ENST00000365151 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.350-201 | ENST00000365409 | 98 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.352-201 | ENST00000365439 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-42P-201 | ENST00000384165 | 107 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.447-201 | ENST00000384184 | 113 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-424P-201 | ENST00000384367 | 105 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.556-201 | ENST00000384677 | 113 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.572-201 | ENST00000384757 | 98 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1248P-201 | ENST00000391096 | 64 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U8.16-201 | ENST00000391279 | 133 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-383P-201 | ENST00000410864 | 94 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL590705.2-201 | ENST00000420204 | 281 nt | TSL 5 BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.650-201 | ENST00000459002 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL049830.1-201 | ENST00000468034 | 425 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC111194.2-201 | ENST00000511222 | 455 nt | TSL 5 BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.777-201 | ENST00000516982 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068338.1-201 | ENST00000565567 | 176 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC015688.6-201 | ENST00000577737 | 104 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4282-201 | ENST00000583613 | 67 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.771-201 | ENST00000598668 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL162424.1-201 | ENST00000602325 | 221 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.789-201 | ENST00000622480 | 102 nt | BASIC | 1.22 | □□□□□ -2.21 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EVI2B-201 | ENST00000330927 | 1999 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CEP290-201 | ENST00000309041 | 7616 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DENND4A-209 | ENST00000635620 | 5887 nt | TSL 5 BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD114-27-201 | ENST00000363766 | 70 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-899P-201 | ENST00000363947 | 107 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.203-201 | ENST00000364106 | 102 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.265-201 | ENST00000364677 | 108 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.416-201 | ENST00000384014 | 113 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL034345.1-201 | ENST00000407768 | 123 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | snoU13.9-201 | ENST00000458927 | 103 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-437P-201 | ENST00000459408 | 95 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NDUFA4P2-201 | ENST00000489989 | 244 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-116P-201 | ENST00000516940 | 62 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR5692C2-201 | ENST00000577959 | 77 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TTC28-AS1_2.1-201 | ENST00000611117 | 157 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U6.104-201 | ENST00000637979 | 90 nt | BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | JMJD1C-212 | ENST00000639129 | 7901 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NPAT-201 | ENST00000278612 | 6117 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 1.21 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1123P-201 | ENST00000362347 | 106 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-955P-201 | ENST00000410497 | 104 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL353747.2-201 | ENST00000439207 | 205 nt | TSL 3 BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HSPE1P24-201 | ENST00000450782 | 238 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093850.1-201 | ENST00000454121 | 251 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087343.1-201 | ENST00000477341 | 475 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC017015.2-201 | ENST00000497946 | 376 nt | TSL 2 BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC055733.2-201 | ENST00000504737 | 340 nt | TSL 2 BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP168-201 | ENST00000516642 | 112 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU7-28P-201 | ENST00000516759 | 62 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC100767.1-201 | ENST00000528178 | 123 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC084365.1-201 | ENST00000552470 | 310 nt | TSL 3 BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004817.2-201 | ENST00000561794 | 651 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4778-201 | ENST00000577635 | 80 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4295-201 | ENST00000585286 | 85 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA28-201 | ENST00000606769 | 126 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RMST_2.1-201 | ENST00000617263 | 136 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SPTSSB-205 | ENST00000620149 | 231 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6734-201 | ENST00000621166 | 68 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL513423.1-201 | ENST00000621695 | 132 nt | BASIC | 1.2 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ICE2P2-201 | ENST00000483823 | 2787 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.20-201 | ENST00000362479 | 113 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD68-201 | ENST00000363214 | 84 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1205P-201 | ENST00000363625 | 106 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1209P-201 | ENST00000363655 | 107 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-969P-201 | ENST00000383900 | 105 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR522-201 | ENST00000385071 | 87 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP482-201 | ENST00000391269 | 118 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR548H3-201 | ENST00000408771 | 118 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.590-201 | ENST00000410140 | 107 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PIGPP3-201 | ENST00000425307 | 415 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNRPGP10-201 | ENST00000432323 | 225 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PGBD4P5-201 | ENST00000445958 | 426 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD11-201 | ENST00000459124 | 84 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-111P-201 | ENST00000517179 | 105 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC016885.2-201 | ENST00000522598 | 261 nt | TSL 3 BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087362.2-201 | ENST00000529325 | 256 nt | TSL 3 BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025887.1-201 | ENST00000578349 | 264 nt | TSL 3 BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073349.3-201 | ENST00000617616 | 186 nt | BASIC | 1.19 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025539.1-201 | ENST00000515343 | 4019 nt | TSL 2 BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRRIQ1-202 | ENST00000393217 | 5394 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SENP7-207 | ENST00000394095 | 4945 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-674P-201 | ENST00000363831 | 107 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U8.5-201 | ENST00000364528 | 136 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD1A-201 | ENST00000364968 | 72 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR520E-201 | ENST00000384867 | 87 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR513A1-201 | ENST00000385138 | 129 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR660-201 | ENST00000385235 | 97 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD58.1-201 | ENST00000391313 | 66 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS29P23-201 | ENST00000458635 | 123 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1023P-201 | ENST00000516137 | 106 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SUMO2P16-201 | ENST00000519475 | 264 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4762-201 | ENST00000585261 | 75 nt | BASIC | 1.18 | □□□□□ -2.22 | | |