Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 Y_RNA.78-201ENST00000362970 110 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RNU6-1019P-201ENST00000364424 107 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 Y_RNA.494-201ENST00000384432 111 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR887-201ENST00000401258 79 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL139132.1-201ENST00000431587 344 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RPL39P25-201ENST00000449384 154 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR4298-201ENST00000584380 73 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL137790.1-201ENST00000634283 177 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL162726.3-218ENST00000636401 95 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 TANK-201ENST00000259075 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL355596.1-201ENST00000565399 3996 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 PIK3C2G-206ENST00000538779 4963 ntTSL 5 BASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 CHORDC1-205ENST00000529726 4805 ntTSL 2 BASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR22-201ENST00000362190 85 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA63D-201ENST00000364359 132 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 DEFB119-202ENST00000376315 324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 BX510359.4-201ENST00000423750 193 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC022018.1-201ENST00000430685 241 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC015922.2-201ENST00000435593 184 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR5094-201ENST00000578766 85 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 Y_RNA.818-201ENST00000618813 71 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC027279.3-201ENST00000625055 122 ntBASIC3.17□□□□□ -1.9
USP4Q13107 ZMYM1-210ENST00000611874 4466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 PRKG1-205ENST00000401604 5922 ntTSL 5 BASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 CAPS2-203ENST00000393284 3430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR302B-201ENST00000362188 73 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA5B-201ENST00000363786 132 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 Y_RNA.558-201ENST00000384685 113 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR29C-201ENST00000385231 88 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA26.2-201ENST00000390922 122 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 LINC01866-201ENST00000421181 201 ntTSL 3 BASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RNU6-844P-201ENST00000517175 102 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC069114.2-201ENST00000604699 304 ntBASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 HDX-206ENST00000506585 6158 ntTSL 2 BASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 LIG4-203ENST00000442234 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.16□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RNU1-91P-201ENST00000364746 163 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-424P-201ENST00000384367 105 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNY1P7-201ENST00000384743 110 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-816P-201ENST00000390914 107 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-1268P-201ENST00000391214 107 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-1239P-201ENST00000391310 107 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNY4P29-201ENST00000410801 97 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL035398.1-201ENST00000430869 322 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MTATP8P2-201ENST00000435212 202 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RPL23AP94-201ENST00000512518 302 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-904P-201ENST00000516206 101 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-762P-201ENST00000517107 102 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU7-181P-201ENST00000517234 74 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 CDKN2B-AS.1-201ENST00000617921 150 ntBASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 JMJD1C-210ENST00000542921 8149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.15□□□□□ -1.91
USP4Q13107 ANKRD18EP-201ENST00000405487 2632 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 PRKACB-218ENST00000610703 4240 ntTSL 2 BASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AP003174.1-201ENST00000306533 376 ntTSL 2 BASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 Y_RNA.388-201ENST00000383919 113 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORA46-201ENST00000384762 135 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 U8.16-201ENST00000391279 133 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL512326.2-201ENST00000426359 151 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC092427.1-202ENST00000430569 476 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AC092783.1-201ENST00000435832 231 ntTSL 3 BASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU6-998P-201ENST00000515894 101 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORA31.4-201ENST00000516049 129 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MIR3126-201ENST00000577443 74 ntBASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SAGE1-202ENST00000370709 2879 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 FTX-214ENST00000638437 12267 ntTSL 5 BASIC3.14□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MIR1267-201ENST00000408723 78 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNA5SP144-201ENST00000410846 116 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 EEF1A1P41-201ENST00000414667 207 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 HSPE1P9-201ENST00000440046 311 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 Z96811.1-201ENST00000445880 108 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU7-96P-201ENST00000459535 64 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 ZNF861P-201ENST00000588126 639 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MIR2052-201ENST00000636055 55 ntBASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 NEDD4-208ENST00000508342 7235 ntTSL 1 (best) BASIC3.13□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-34-201ENST00000362441 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-12-201ENST00000362583 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-29-201ENST00000362834 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-9-201ENST00000362912 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-21-201ENST00000362963 81 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-14-201ENST00000363090 81 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-13-201ENST00000363358 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-41-201ENST00000363608 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-11-201ENST00000363616 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-5-201ENST00000363633 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-39-201ENST00000363694 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-4-201ENST00000363810 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-16-201ENST00000363887 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-6-201ENST00000363942 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 Y_RNA.220-201ENST00000364244 109 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-42-201ENST00000364273 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-15-201ENST00000364809 81 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-1-201ENST00000364961 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-26-201ENST00000365067 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-10-201ENST00000365073 81 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-43-201ENST00000365503 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 SNORD115-36-201ENST00000365629 82 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 RNU11-3P-201ENST00000391111 133 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL034345.1-201ENST00000407768 123 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 MIR1912-201ENST00000410389 80 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL022718.1-201ENST00000412004 84 ntBASIC3.12□□□□□ -1.91
USP4Q13107 AL359195.1-201ENST00000416657 339 ntTSL 3 BASIC3.12□□□□□ -1.91
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