Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 1700008O03Rik-201ENSMUST00000107933 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 BC048679-202ENSMUST00000144156 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm8349-201ENSMUST00000182720 1003 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 2810030D12Rik-203ENSMUST00000190461 1039 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Chst13-201ENSMUST00000070890 1653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ankrd29-201ENSMUST00000118525 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Trim31-201ENSMUST00000078438 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm37166-201ENSMUST00000195473 2474 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Zfp24-203ENSMUST00000153337 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Layn-204ENSMUST00000217212 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Afg1l-201ENSMUST00000041024 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ccdc24-201ENSMUST00000106422 1365 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ppil3-204ENSMUST00000117069 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm13418-201ENSMUST00000119097 944 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm21887-203ENSMUST00000180251 531 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Abhd18-206ENSMUST00000203650 797 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Fosb-206ENSMUST00000208446 1090 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 AC148328.1-201ENSMUST00000216448 920 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Guf1-202ENSMUST00000087228 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Antxr2-202ENSMUST00000199088 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Tm9sf1-205ENSMUST00000122358 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Lhfp-203ENSMUST00000147139 1932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 4930528D03Rik-201ENSMUST00000181528 1339 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Tspoap1-202ENSMUST00000100644 7390 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Alcam-201ENSMUST00000023312 6036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Mef2b-201ENSMUST00000110140 1223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Mef2b-202ENSMUST00000110141 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm4459-201ENSMUST00000118750 468 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm25406-201ENSMUST00000157599 105 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm20324-201ENSMUST00000186291 1118 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Chmp2a-201ENSMUST00000005711 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Hist1h2ak-201ENSMUST00000074752 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Foxp4-203ENSMUST00000113263 3156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Col11a2-203ENSMUST00000114255 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Pid1-201ENSMUST00000168574 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Simc1-201ENSMUST00000118072 2116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Usp49-201ENSMUST00000024779 8252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Xpo4-209ENSMUST00000174545 8680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Myo5a-214ENSMUST00000155282 6372 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Cnppd1-208ENSMUST00000190679 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm26718-201ENSMUST00000181048 1378 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Wdr41-205ENSMUST00000160801 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Wdr41-201ENSMUST00000056512 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Cd164l2-201ENSMUST00000105910 986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm40513-201ENSMUST00000217258 411 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Adgra3-201ENSMUST00000030971 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Bcor-202ENSMUST00000065143 6839 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Usp47-201ENSMUST00000106653 5540 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm20628-201ENSMUST00000177363 3215 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Pcmt1-202ENSMUST00000159917 2491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Slc16a3-202ENSMUST00000100130 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Ptgis-201ENSMUST00000018113 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Snx16-201ENSMUST00000029047 2288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Mir124-2hg-202ENSMUST00000186746 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Hivep3-201ENSMUST00000084306 2973 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Cyp21a1-201ENSMUST00000025223 2058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Bambi-201ENSMUST00000025075 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm8097-201ENSMUST00000117903 829 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm12350-201ENSMUST00000121208 462 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm7230-201ENSMUST00000173026 815 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Rps13-ps1-201ENSMUST00000183478 538 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Lrr1-203ENSMUST00000222520 767 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Izumo1r-201ENSMUST00000034409 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Myl12b-201ENSMUST00000038446 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Grk3-203ENSMUST00000197776 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Sf3b1Q99NB9 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.8 ms