Protein–RNA interactions for Protein: Q5QNQ9

Col27a1, Collagen alpha-1(XXVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,845 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col27a1Q5QNQ9 Sil1-201ENSMUST00000025215 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Neu1-201ENSMUST00000007253 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ndufab1-203ENSMUST00000123296 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm45711-202ENSMUST00000164175 979 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm24158-201ENSMUST00000175263 71 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 A330069E16Rik-201ENSMUST00000181191 887 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 2410004P03Rik-203ENSMUST00000190691 953 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Bcl2l12-201ENSMUST00000003290 1075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Pomgnt2-206ENSMUST00000216669 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Zbtb8a-201ENSMUST00000030610 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm16976-201ENSMUST00000099718 1894 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gfpt1-202ENSMUST00000113655 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm27430-201ENSMUST00000184585 107 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm44333-201ENSMUST00000197168 107 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Zfyve21-206ENSMUST00000222843 705 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Fam162a-201ENSMUST00000004057 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Sirt6-202ENSMUST00000119324 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Atp6v0d1-201ENSMUST00000013304 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Sebox-201ENSMUST00000001130 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Lamtor3-201ENSMUST00000168345 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 AC151836.1-202ENSMUST00000226259 753 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Prg3-201ENSMUST00000028466 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm3054-201ENSMUST00000111075 265 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Rpl9-202ENSMUST00000118543 1193 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Mvk-206ENSMUST00000137167 1049 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm8239-201ENSMUST00000204094 444 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm35549-203ENSMUST00000204619 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm5779-201ENSMUST00000218467 910 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm5771-201ENSMUST00000049079 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ap3s1-201ENSMUST00000025357 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Trappc11-202ENSMUST00000120987 2060 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gm29361-201ENSMUST00000183323 2000 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Rnf220-203ENSMUST00000102690 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ccer2-201ENSMUST00000178767 1054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ndufs6-204ENSMUST00000223293 757 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 CT025555.1-201ENSMUST00000225901 1217 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Hes5-201ENSMUST00000049621 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Gid8-201ENSMUST00000029090 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col27a1Q5QNQ9 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 1700113H08Rik-201ENSMUST00000169849 1332 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Syt3-202ENSMUST00000118962 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Gm45785-201ENSMUST00000209690 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Vsig2-204ENSMUST00000215271 891 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Ccdc182-201ENSMUST00000037268 1204 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Pdzd11-202ENSMUST00000059099 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Mrps27-201ENSMUST00000052249 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Krt81-201ENSMUST00000061185 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Fam178b-201ENSMUST00000114981 1659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Zfyve19-201ENSMUST00000090174 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Gm14206-201ENSMUST00000132973 747 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Cyba-201ENSMUST00000017604 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Gm17837-201ENSMUST00000186435 985 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Prrg2-207ENSMUST00000210500 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Apobec2-201ENSMUST00000046549 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Wdr13-202ENSMUST00000115623 1749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Sigirr-206ENSMUST00000210167 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Ntng2-210ENSMUST00000177689 1679 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Slc22a16-202ENSMUST00000078314 2269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col27a1Q5QNQ9 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.7 ms