Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 Y_RNA.287-201ENST00000364853 94 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU4-11P-201ENST00000365287 132 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR134-201ENST00000385258 73 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPL23AP82-202ENST00000427528 469 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL117339.2-201ENST00000430475 180 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL138900.2-201ENST00000434098 156 ntTSL 3 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC112715.1-201ENST00000445534 350 ntTSL 3 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC067945.3-201ENST00000456176 386 ntTSL 5 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNA5SP246-201ENST00000458909 119 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC146507.2-201ENST00000460608 476 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC093297.2-204ENST00000508945 295 ntTSL 3 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORA25.12-201ENST00000516202 82 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU2-58P-201ENST00000516403 183 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU1-117P-201ENST00000517041 158 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC012229.1-201ENST00000558699 499 ntTSL 4 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC004148.1-201ENST00000571506 398 ntTSL 5 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPS15AP11-201ENST00000594193 385 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 HSPE1P7-201ENST00000604681 321 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORD11B-201ENST00000607707 90 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MSANTD4-206ENST00000617528 508 ntTSL 5 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 OR8D1-202ENST00000641015 8286 ntAPPRIS P1 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 OR8D1-203ENST00000641897 8285 ntAPPRIS P1 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 STAU2-207ENST00000519961 3928 ntTSL 1 (best) BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ADGRL2-208ENST00000370725 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC018555.1-201ENST00000567548 1980 ntBASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 LUM-201ENST00000266718 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.4□□□□□ -1.71
USP4Q13107 PIKFYVE-201ENST00000264380 9901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SLC17A3-204ENST00000397060 2052 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ADGRL2-201ENST00000319517 5479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MECOM-219ENST00000628990 4835 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 BMPR1B-203ENST00000440890 5388 ntTSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU1-15P-201ENST00000353977 144 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 Y_RNA.24-201ENST00000362508 103 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-103P-201ENST00000363686 107 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORD115-30-201ENST00000364117 82 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNA5SP283-201ENST00000365604 119 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORA8.3-201ENST00000384679 139 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 Y_RNA.572-201ENST00000384757 98 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR513C-201ENST00000401352 84 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPL21P65-201ENST00000406094 466 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNA5SP201-201ENST00000410316 124 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR1911-201ENST00000410783 80 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC010163.2-201ENST00000416341 381 ntTSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 HLA-N-201ENST00000437516 135 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 S100A11P1-201ENST00000477525 312 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-344P-201ENST00000516635 111 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-971P-201ENST00000516920 106 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC006064.5-201ENST00000541782 248 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 EIF4A1P12-201ENST00000551910 141 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 IGKV2OR2-8-201ENST00000558710 300 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC027176.1-201ENST00000560204 514 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC092138.2-201ENST00000563811 428 ntTSL 5 BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC007493.1-202ENST00000567899 517 ntTSL 2 BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR5006-201ENST00000583027 110 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 TCL6_2.1-201ENST00000615162 119 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SMAD5-AS1_2.1-201ENST00000617906 131 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC005562.2-201ENST00000618264 111 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC112484.5-201ENST00000624189 228 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 XRCC4-203ENST00000396027 1530 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC007496.3-201ENST00000624987 3443 ntBASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 CYSLTR1-203ENST00000614798 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.71
USP4Q13107 DST-201ENST00000244364 16742 ntTSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 PTER-201ENST00000298942 3448 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 EIF2S1-202ENST00000466499 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNA5SP205-201ENST00000364653 136 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 SNORA20-201ENST00000384662 132 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 TRAJ7-201ENST00000390530 59 ntAPPRIS P1 BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPL30P13-201ENST00000418873 348 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL358234.1-201ENST00000421132 273 ntTSL 5 BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RN7SL132P-201ENST00000478131 296 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPS26P15-201ENST00000488067 348 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPL21P129-201ENST00000491732 478 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC107027.2-201ENST00000512197 115 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC012413.1-201ENST00000521294 519 ntTSL 2 BASIC4.38□□□□□ -1.71
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USP4Q13107 SMCR2_2.1-201ENST00000619783 161 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
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USP4Q13107 AC068205.3-201ENST00000636385 468 ntBASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 PLCL2-202ENST00000432376 3940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MYNN-202ENST00000356716 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 CSRNP3-202ENST00000342316 11684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.38□□□□□ -1.71
USP4Q13107 FAN1-202ENST00000561594 2738 ntTSL 1 (best) BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 ARID2-206ENST00000457135 4356 ntTSL 1 (best) BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 PTAR1-202ENST00000377200 9876 ntTSL 1 (best) BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC110597.3-202ENST00000583493 3289 ntTSL 5 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 GABRG2-222ENST00000639975 3662 ntTSL 5 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU4-15P-201ENST00000362613 141 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MIR23B-201ENST00000384832 97 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 TRAJ59-201ENST00000390480 54 ntAPPRIS P1 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU6-710P-201ENST00000410424 105 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 MTND4LP9-201ENST00000427694 174 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RPL23AP46-201ENST00000438548 490 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC105398.1-201ENST00000446073 402 ntTSL 5 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC010891.1-201ENST00000449963 448 ntTSL 2 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL137159.1-201ENST00000452808 512 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AL645939.1-201ENST00000453429 797 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RN7SL604P-201ENST00000492589 296 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 AC055733.2-201ENST00000504737 340 ntTSL 2 BASIC4.37□□□□□ -1.71
USP4Q13107 RNU1-61P-201ENST00000516107 151 ntBASIC4.37□□□□□ -1.71
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