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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL138889.2-201 | ENST00000603883 | 242 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL121917.1-203 | ENST00000605534 | 577 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC072046.2-201 | ENST00000618366 | 268 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC138649.3-201 | ENST00000622154 | 254 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | HAS2-201 | ENST00000303924 | 4190 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CFHR4-204 | ENST00000608469 | 1601 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | TAB2-205 | ENST00000538427 | 4240 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CENPCP1-201 | ENST00000533085 | 2578 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR4299-201 | ENST00000577899 | 72 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ZNF616-202 | ENST00000596290 | 568 nt | TSL 4 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC243960.4-201 | ENST00000600532 | 288 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC005296.1-201 | ENST00000616145 | 209 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC022079.1-201 | ENST00000621546 | 602 nt | BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | QSER1-204 | ENST00000527788 | 5052 nt | TSL 2 BASIC | 2.33 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL589740.1-207 | ENST00000607823 | 1962 nt | TSL 5 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | USP53-202 | ENST00000450251 | 6072 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RICTOR-202 | ENST00000357387 | 9543 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-942P-201 | ENST00000363002 | 107 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-529P-201 | ENST00000363383 | 104 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-61P-201 | ENST00000365528 | 109 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1179P-201 | ENST00000384667 | 107 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | BCL2L15-203 | ENST00000393320 | 276 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CALM2P2-201 | ENST00000428512 | 440 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC092839.1-201 | ENST00000433475 | 536 nt | TSL 4 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC114501.3-201 | ENST00000453648 | 164 nt | TSL 5 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC00571-203 | ENST00000454060 | 525 nt | TSL 3 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.688-201 | ENST00000516565 | 95 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-667P-201 | ENST00000517186 | 102 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC090572.1-201 | ENST00000519251 | 160 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL136038.2-201 | ENST00000553983 | 283 nt | TSL 3 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | EAF1-AS1-207 | ENST00000599742 | 772 nt | TSL 5 BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC068790.2-201 | ENST00000602601 | 557 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC006566.1-201 | ENST00000608943 | 513 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CD44-239 | ENST00000639002 | 528 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL390237.1-201 | ENST00000404226 | 1415 nt | BASIC | 2.32 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ZBTB6-201 | ENST00000373659 | 4106 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC133104.1-201 | ENST00000429100 | 218 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC00844-201 | ENST00000432535 | 477 nt | TSL 2 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RPL23AP6-201 | ENST00000446637 | 472 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RPL31P3-201 | ENST00000458430 | 332 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC023794.1-201 | ENST00000504210 | 403 nt | TSL 2 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC104806.1-201 | ENST00000508720 | 308 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC107222.1-201 | ENST00000510899 | 637 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC008700.1-202 | ENST00000513657 | 468 nt | TSL 5 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC112206.3-201 | ENST00000514578 | 389 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC026464.5-201 | ENST00000562497 | 722 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC01195-201 | ENST00000570118 | 451 nt | TSL 3 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR3913-1-201 | ENST00000577744 | 102 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR5007-201 | ENST00000583098 | 95 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC087752.4-201 | ENST00000605911 | 462 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC103810.6-201 | ENST00000606708 | 136 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC109347.2-201 | ENST00000610220 | 349 nt | BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ARHGAP5-202 | ENST00000345122 | 9604 nt | APPRIS P3 TSL 5 BASIC | 2.31 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LRRCC1-202 | ENST00000414626 | 4493 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SENP7-206 | ENST00000394094 | 4703 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CGGBP1-202 | ENST00000398392 | 5298 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009487.4-201 | ENST00000624969 | 3585 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-655P-201 | ENST00000362858 | 107 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1097P-201 | ENST00000363586 | 107 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.367-201 | ENST00000365544 | 101 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-116P-201 | ENST00000384042 | 109 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR10A-201 | ENST00000385043 | 110 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR29C-201 | ENST00000385231 | 88 nt | BASIC | 2.3 | □□□□□ -2.04 | | |