Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Adam22-201ENSMUST00000046838 2773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Krt83-201ENSMUST00000023718 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Esrrb-201ENSMUST00000021680 2136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Chrna2-202ENSMUST00000206455 1933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ormdl3-201ENSMUST00000052919 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cdca7-201ENSMUST00000102691 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Frs3os-201ENSMUST00000136531 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Tma7-201ENSMUST00000167504 944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27867-201ENSMUST00000184778 125 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cd300c-201ENSMUST00000061637 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Cd300c-202ENSMUST00000092466 700 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pcbp4-201ENSMUST00000024260 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Neil3-201ENSMUST00000047768 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb9-201ENSMUST00000120016 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Iqsec1-202ENSMUST00000101153 8036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pcmt1-202ENSMUST00000159917 2491 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 AU022751-202ENSMUST00000117544 2201 ntAPPRIS P4 BASIC15.71■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Fkbp14-202ENSMUST00000117375 1830 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Coro2a-202ENSMUST00000107756 4154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 C130073E24Rik-201ENSMUST00000210222 6144 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Matr3-214ENSMUST00000190029 2845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Wipi2-201ENSMUST00000036872 5171 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp446-202ENSMUST00000108535 2594 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Sept8-201ENSMUST00000108987 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rai1-201ENSMUST00000064190 7348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Timm23-201ENSMUST00000013845 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26756-201ENSMUST00000181689 1294 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Spata33-204ENSMUST00000212346 715 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 AC160338.1-201ENSMUST00000214232 705 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rara-202ENSMUST00000107473 3238 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Nadk2-203ENSMUST00000100790 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Plekha4-202ENSMUST00000209517 2577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15165-201ENSMUST00000118140 502 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Ppil3-204ENSMUST00000117069 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Dvl2-207ENSMUST00000190940 5037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Ssfa2-201ENSMUST00000111784 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem132c-201ENSMUST00000119026 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Fmnl3-203ENSMUST00000120633 4290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Katnbl1-201ENSMUST00000028552 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Rbpms-203ENSMUST00000053251 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr86-201ENSMUST00000068693 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 Sox14-201ENSMUST00000054819 2065 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.5 ms