Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 1700025J12Rik-201ENSMUST00000205586 630 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Heyl-201ENSMUST00000040821 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Cacna1h-202ENSMUST00000159048 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Mettl27-204ENSMUST00000111219 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Adgrl1-201ENSMUST00000045393 5643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Entpd7-201ENSMUST00000081079 5911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Kif21a-204ENSMUST00000109287 6124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Kif21a-205ENSMUST00000109288 6142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Nfe2l3-201ENSMUST00000005103 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Akt2-214ENSMUST00000167435 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Efr3a-201ENSMUST00000015146 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
ShhQ62226 Plcl1-201ENSMUST00000042986 6580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Trim8-201ENSMUST00000026008 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Slc13a3-202ENSMUST00000109279 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Wdr41-205ENSMUST00000160801 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Wdr41-201ENSMUST00000056512 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Gpr20-201ENSMUST00000064166 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Chchd7-205ENSMUST00000120732 711 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm7063-201ENSMUST00000186840 981 ntBASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm21057-201ENSMUST00000206022 670 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Nmu-201ENSMUST00000031146 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Zkscan3-204ENSMUST00000117721 5788 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Gpc3-201ENSMUST00000069360 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
ShhQ62226 Yipf2-204ENSMUST00000213809 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Dvl2-201ENSMUST00000019362 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Arntl-204ENSMUST00000210238 2976 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Ivns1abp-203ENSMUST00000111887 2783 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Emc8-201ENSMUST00000034277 4942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Lman2l-202ENSMUST00000115011 2290 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Ptpn5-201ENSMUST00000033142 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Nmt2-203ENSMUST00000102989 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Pigl-201ENSMUST00000014389 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm13216-201ENSMUST00000117145 591 ntBASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm1401-201ENSMUST00000122048 772 ntBASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm26549-201ENSMUST00000181112 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Pigt-201ENSMUST00000103101 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Uchl5-201ENSMUST00000018333 1845 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Iars2-201ENSMUST00000027921 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Stxbp3-205ENSMUST00000138552 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Rgl1-202ENSMUST00000111857 3037 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
ShhQ62226 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm6190-201ENSMUST00000220683 1374 ntBASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Tsen15-205ENSMUST00000162371 431 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Upp1-205ENSMUST00000164791 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Ssr2-205ENSMUST00000193934 569 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 AC138767.1-201ENSMUST00000222661 415 ntBASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Snrnp35-201ENSMUST00000031349 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Gm9925-201ENSMUST00000066583 483 ntAPPRIS P1 BASIC15.02■□□□□ -0
ShhQ62226 Pten-201ENSMUST00000013807 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Mon1a-201ENSMUST00000035202 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC15.02□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Elf2-202ENSMUST00000091144 2366 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
ShhQ62226 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
ShhQ62226 4930474N05Rik-203ENSMUST00000226305 2313 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
ShhQ62226 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Ccdc71l-201ENSMUST00000172332 4240 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Cacna1b-204ENSMUST00000102939 9736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
ShhQ62226 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
ShhQ62226 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30 ms