Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Cstf2-201ENSMUST00000033609 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm45212-201ENSMUST00000205831 3403 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fam81a-201ENSMUST00000034749 3703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gk5-201ENSMUST00000085217 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Stum-201ENSMUST00000136521 6506 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ruvbl2-205ENSMUST00000211214 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 C030014I23Rik-201ENSMUST00000080911 1810 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Arid4b-204ENSMUST00000110536 5783 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Dusp13-213ENSMUST00000184703 902 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Bicd2-201ENSMUST00000048544 6309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm26568-201ENSMUST00000180496 1594 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Rcn2-201ENSMUST00000114276 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tmx4-203ENSMUST00000110120 2602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Antxr2-201ENSMUST00000031281 5656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm8909-201ENSMUST00000040467 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ephb1-203ENSMUST00000149800 3471 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Cadps2-205ENSMUST00000115358 4848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Nrg1-218ENSMUST00000209107 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Taf6l-206ENSMUST00000176610 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fam110a-201ENSMUST00000062047 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Nlk-201ENSMUST00000142739 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pds5b-208ENSMUST00000202170 6598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pcmt1-208ENSMUST00000162606 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pex5l-206ENSMUST00000108226 2632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ankrd44-210ENSMUST00000179030 6140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Acadvl-202ENSMUST00000102574 2168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pfkfb4-201ENSMUST00000051873 3316 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ccdc166-201ENSMUST00000182172 2584 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tpm4-201ENSMUST00000003575 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tef-201ENSMUST00000023024 4079 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Serf2-204ENSMUST00000139253 3056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Erg-207ENSMUST00000171646 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Rmnd5b-201ENSMUST00000001081 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Zpbp-201ENSMUST00000020413 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Mri1-203ENSMUST00000126435 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ctage5-213ENSMUST00000176464 4434 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm28756-202ENSMUST00000209405 2461 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Dmc1-201ENSMUST00000023065 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Crem-228ENSMUST00000150235 2662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Cfap20-208ENSMUST00000213086 2544 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Smarcc1-204ENSMUST00000197984 3538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fosl2-201ENSMUST00000031017 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Tmem229b-201ENSMUST00000056660 3860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col28a1Q2UY11 Fyn-201ENSMUST00000063091 3562 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Mapk8ip3-201ENSMUST00000088345 5543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Ankrd44-201ENSMUST00000044359 6192 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 A130010J15Rik-201ENSMUST00000110831 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Ipo8-201ENSMUST00000048418 5360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Tdg-201ENSMUST00000092266 2959 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Il11ra1-204ENSMUST00000108042 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Mvd-201ENSMUST00000006692 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Ube2d3-208ENSMUST00000197134 2493 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Zfp668-201ENSMUST00000054415 5768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Adnp-201ENSMUST00000057793 4917 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Gm6588-201ENSMUST00000100882 2313 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col28a1Q2UY11 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43 ms