Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 P2ry1-203ENSMUST00000193943 2203 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Col11a2-203ENSMUST00000114255 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm28111-201ENSMUST00000187786 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Zufsp-202ENSMUST00000218055 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Snhg15-203ENSMUST00000134527 675 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Il6st-208ENSMUST00000184311 2985 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 AC158982.1-201ENSMUST00000228377 901 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Eml1-203ENSMUST00000109860 4160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Hoxaas2-202ENSMUST00000155922 1567 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rsph6a-202ENSMUST00000076887 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Paip2-201ENSMUST00000041314 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ccdc174-201ENSMUST00000037783 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Msantd3-202ENSMUST00000064807 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Mlxip-202ENSMUST00000111596 2653 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Sgsm1-204ENSMUST00000112325 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Bicc1-203ENSMUST00000143791 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Mef2b-201ENSMUST00000110140 1223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Mef2b-202ENSMUST00000110141 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Chchd7-203ENSMUST00000119307 889 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Tmem208-201ENSMUST00000015000 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm13849-201ENSMUST00000153328 835 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 AC154757.1-201ENSMUST00000228289 336 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Erp27-201ENSMUST00000032343 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Apof-201ENSMUST00000050901 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Hbb-bt-201ENSMUST00000098192 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm5648-201ENSMUST00000122244 1587 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Pard6g-201ENSMUST00000070219 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Sco1-201ENSMUST00000092996 2412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 AC122901.1-201ENSMUST00000214203 1790 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Alg3-201ENSMUST00000045918 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Haghl-201ENSMUST00000077938 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Chrna2-202ENSMUST00000206455 1933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Capzb-202ENSMUST00000042675 1604 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rab6a-201ENSMUST00000032946 3214 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Zmynd15-203ENSMUST00000108563 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Slc43a1-202ENSMUST00000111624 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Pgam1-ps1-201ENSMUST00000119107 749 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ikzf1-203ENSMUST00000065433 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm45277-201ENSMUST00000210549 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Marveld1-201ENSMUST00000061111 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 E230001N04Rik-202ENSMUST00000181029 2091 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Slc47a1-201ENSMUST00000010267 2639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm12480-201ENSMUST00000129576 774 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm11536-201ENSMUST00000130733 535 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rnf170-208ENSMUST00000153528 1026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ankrd13d-204ENSMUST00000167215 639 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Stambp-206ENSMUST00000206400 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 1300002E11Rik-207ENSMUST00000211443 767 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Frmd5-213ENSMUST00000212518 922 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Icam4-202ENSMUST00000215077 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rhebl1-201ENSMUST00000024518 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ada-201ENSMUST00000017841 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Smurf2-201ENSMUST00000092517 3125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Irx4-202ENSMUST00000176684 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Fam135a-201ENSMUST00000027337 5536 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Tmem163-203ENSMUST00000160616 2657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Abat-202ENSMUST00000115838 1348 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 4921511I17Rik-201ENSMUST00000220545 1341 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Yipf2-204ENSMUST00000213809 1883 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Camsap2-203ENSMUST00000192314 4916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm8097-201ENSMUST00000117903 829 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Wdr61-203ENSMUST00000121204 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Uba52-203ENSMUST00000125184 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm11780-201ENSMUST00000136880 516 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Gm7616-201ENSMUST00000143112 624 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 4930593A02Rik-202ENSMUST00000203879 938 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Elof1-203ENSMUST00000213233 810 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Chchd1-203ENSMUST00000224633 557 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Col6a1Q04857 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.7 ms