Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Ftsj1-202ENSMUST00000115594 1529 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm16000-201ENSMUST00000146657 447 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 CT030684.1-201ENSMUST00000227292 914 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Hdhd3-201ENSMUST00000037820 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Haus1-201ENSMUST00000048192 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Pard6a-202ENSMUST00000098444 1273 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 D930028M14Rik-201ENSMUST00000098678 1003 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Dpp7-201ENSMUST00000028332 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Smpd4-221ENSMUST00000170996 1619 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Twf2-204ENSMUST00000188650 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Pfdn6-205ENSMUST00000174426 396 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 4930592C13Rik-201ENSMUST00000196791 661 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm19710-202ENSMUST00000200320 493 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 4930428E07Rik-201ENSMUST00000222132 920 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Ifitm3-201ENSMUST00000026565 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Lce1g-201ENSMUST00000029527 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Reep4-201ENSMUST00000047218 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 AC131068.2-201ENSMUST00000226175 1453 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Defb30-203ENSMUST00000111208 503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Defb30-204ENSMUST00000111209 721 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm14767-201ENSMUST00000121559 586 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm11535-201ENSMUST00000145517 778 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm28630-201ENSMUST00000187806 498 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm7619-201ENSMUST00000210649 1282 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm36236-201ENSMUST00000220780 701 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Arhgef9-216ENSMUST00000197206 2227 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Tbx3os1-203ENSMUST00000140101 490 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Tmprss5-204ENSMUST00000167095 1146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Isca2-201ENSMUST00000021667 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Arid3c-201ENSMUST00000084698 1417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Klk8-201ENSMUST00000085461 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Trafd1-202ENSMUST00000120784 2425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Gm5922-201ENSMUST00000214963 1723 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Col17a1Q07563 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm10535-201ENSMUST00000182275 915 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm29541-201ENSMUST00000191351 678 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm18018-201ENSMUST00000198273 408 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Fxyd1-217ENSMUST00000206860 594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Commd9-201ENSMUST00000028584 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 AC122301.2-201ENSMUST00000219020 1474 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Ninj1-202ENSMUST00000120733 1321 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Tmem52-204ENSMUST00000178188 908 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Tmem52-205ENSMUST00000178238 968 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 1010001B22Rik-201ENSMUST00000181488 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm26808-201ENSMUST00000181569 411 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gstp2-201ENSMUST00000042700 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Cenpm-201ENSMUST00000089155 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Phkg2-202ENSMUST00000121004 1840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Bad-203ENSMUST00000113426 740 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Pomc-201ENSMUST00000020990 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Mpc1-201ENSMUST00000046754 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Ubl4b-201ENSMUST00000052853 1387 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Fam172a-203ENSMUST00000163257 1436 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 H60b-201ENSMUST00000105522 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Unc50-202ENSMUST00000114925 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm20650-201ENSMUST00000175690 198 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm36979-201ENSMUST00000193616 539 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 2900022M07Rik-201ENSMUST00000193912 1017 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm43397-201ENSMUST00000196422 481 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Col17a1Q07563 Gm43714-201ENSMUST00000198351 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48 ms