Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Slain1-201ENSMUST00000069443 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Myh14-204ENSMUST00000207775 6499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Slc8a3-202ENSMUST00000085238 4927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Itga6-201ENSMUST00000028522 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Leprotl1-201ENSMUST00000033910 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Dlgap1-201ENSMUST00000060072 5420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Slc13a3-202ENSMUST00000109279 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Rgl1-202ENSMUST00000111857 3037 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Lamc1-201ENSMUST00000027752 7622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Elf2-202ENSMUST00000091144 2366 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm6583-201ENSMUST00000051117 2233 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Acap3-202ENSMUST00000105584 4365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Agpat1-201ENSMUST00000037489 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Crtac1-201ENSMUST00000048630 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Fam208a-201ENSMUST00000022450 7590 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Jade2-201ENSMUST00000020655 6273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Plxnc1-201ENSMUST00000099337 7302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Cask-204ENSMUST00000115438 8366 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Anapc5-201ENSMUST00000086216 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Mxd4-201ENSMUST00000042701 3872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Oxr1-206ENSMUST00000170127 4251 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Tgfbr2-202ENSMUST00000061101 8092 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Sufu-202ENSMUST00000111867 1747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Dhcr24-201ENSMUST00000047973 4028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Clvs2-203ENSMUST00000160299 2610 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Dlx1-201ENSMUST00000037119 4111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Chmp4c-201ENSMUST00000029049 6188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Nes-201ENSMUST00000090973 6126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Rcc2-201ENSMUST00000038893 3767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Epb41l1-204ENSMUST00000103137 6490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Mef2d-203ENSMUST00000107559 1791 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Cadps2-201ENSMUST00000018122 4723 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Kiss1r-202ENSMUST00000219745 979 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Hsf4-202ENSMUST00000163734 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Comp-201ENSMUST00000003659 2416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Esrp1-202ENSMUST00000108310 2781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Itgb4-201ENSMUST00000021107 6014 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Shank3-202ENSMUST00000066545 4702 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prelid3a-201ENSMUST00000025411 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 66.8 ms