Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Thsd7a-202ENSMUST00000119581 5678 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Lrrtm1-202ENSMUST00000159616 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 9430038I01Rik-202ENSMUST00000117404 699 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Psmc4-206ENSMUST00000140053 1244 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm44202-201ENSMUST00000203549 532 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Rfc4-201ENSMUST00000023598 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Dnajb8-201ENSMUST00000061866 990 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 AK157302-201ENSMUST00000104942 1924 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Actr3-202ENSMUST00000178474 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gins4-201ENSMUST00000033950 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Ch25h-201ENSMUST00000050562 1350 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Map3k7-202ENSMUST00000080933 5669 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Tekt1-202ENSMUST00000108502 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Lrrc45-201ENSMUST00000026139 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Ostf1-201ENSMUST00000025631 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Dnm2-204ENSMUST00000165766 3063 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Pex11a-201ENSMUST00000032761 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Slc11a1-201ENSMUST00000027368 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Adnp-202ENSMUST00000088001 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Ccdc106-204ENSMUST00000207974 2492 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Crybb1-202ENSMUST00000112375 793 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm15677-201ENSMUST00000152302 766 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm7507-201ENSMUST00000183053 1008 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Timm13-204ENSMUST00000219896 542 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Romo1-201ENSMUST00000088610 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Tmem163-203ENSMUST00000160616 2657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Pmepa1-201ENSMUST00000036248 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 E330011M16Rik-201ENSMUST00000193614 1794 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Clstn2-201ENSMUST00000035027 4365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Slc35f2-201ENSMUST00000048670 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Zmiz1-201ENSMUST00000007961 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Nsmf-201ENSMUST00000006646 2922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Plxnd1-201ENSMUST00000015511 6907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Nfe2l1-202ENSMUST00000107657 3869 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm28411-202ENSMUST00000191318 464 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Cyp2w1-201ENSMUST00000031521 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Aipl1-201ENSMUST00000048207 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Edem1-201ENSMUST00000089162 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Lrp5-201ENSMUST00000025856 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gbe1-201ENSMUST00000023393 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Atf6b-202ENSMUST00000173984 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Slc1a6-201ENSMUST00000005490 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Tmprss5-201ENSMUST00000070390 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Rybp-201ENSMUST00000101118 4503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm18856-201ENSMUST00000178096 1374 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Kank3-202ENSMUST00000172649 2652 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Thap3-202ENSMUST00000105665 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Fam107b-203ENSMUST00000115053 688 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm36967-201ENSMUST00000193814 266 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Methig1-201ENSMUST00000075675 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Abcd4-201ENSMUST00000021666 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Bcar1-201ENSMUST00000166232 3142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gps1-207ENSMUST00000172809 2000 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Hand1-201ENSMUST00000036917 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Il10rb-201ENSMUST00000023691 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Plekha7-210ENSMUST00000182834 5257 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Lrrc36-206ENSMUST00000216765 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Gm3248-201ENSMUST00000163885 2055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Sf3b1Q99NB9 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 78.6 ms