Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Umad1-202ENSMUST00000159335 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tap1-201ENSMUST00000041633 2614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Rwdd2b-201ENSMUST00000039101 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Hist1h1c-201ENSMUST00000040914 1560 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cd40-202ENSMUST00000073707 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Dera-201ENSMUST00000087675 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Itpkb-201ENSMUST00000070181 6235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gm10532-201ENSMUST00000181913 2301 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Myef2-201ENSMUST00000067780 2999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Mid1-206ENSMUST00000112107 3194 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Kiss1r-202ENSMUST00000219745 979 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Unc13b-203ENSMUST00000107953 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Sept8-201ENSMUST00000108987 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ntrk2-205ENSMUST00000224402 2284 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 B3gat2-203ENSMUST00000144602 1488 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Zfp691-204ENSMUST00000179290 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Trim50-201ENSMUST00000065785 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Zbtb48-201ENSMUST00000066715 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Foxq1-201ENSMUST00000042118 4843 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Fam72a-201ENSMUST00000068613 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 1700001O22Rik-201ENSMUST00000050003 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Pax8-201ENSMUST00000028355 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Haghl-201ENSMUST00000077938 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cep104-201ENSMUST00000047497 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ero1lb-203ENSMUST00000221560 1964 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Cant1-204ENSMUST00000106288 2873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Mxd4-201ENSMUST00000042701 3872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ubp1-202ENSMUST00000084885 3850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Letm2-208ENSMUST00000210616 2974 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Gm44430-201ENSMUST00000203376 995 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Rbfox2-206ENSMUST00000227314 1810 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Mccc1-201ENSMUST00000029259 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Zfp862-ps-203ENSMUST00000203848 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Kifc3-203ENSMUST00000169748 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Chga-201ENSMUST00000021610 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim58Q5NCC9 Taz-201ENSMUST00000069722 1851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.3 ms