Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Rnf40Q3U319 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Rnf40Q3U319 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Rnf40Q3U319 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Rnf40Q3U319 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.1 ms