Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Epm2a-201ENSMUST00000069106 3287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Adamts19-201ENSMUST00000052907 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Glis1-201ENSMUST00000046005 2906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Efnb3-201ENSMUST00000004036 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Rabep1-201ENSMUST00000076270 5408 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Ndufaf8-201ENSMUST00000106223 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Cep85l-205ENSMUST00000220443 7425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Fmnl3-203ENSMUST00000120633 4290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gramd4-204ENSMUST00000138134 4292 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Spats2l-212ENSMUST00000170139 2315 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Zkscan3-208ENSMUST00000224820 5398 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Anks1-201ENSMUST00000025058 6844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Anks1b-214ENSMUST00000182356 7561 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Coro1a-201ENSMUST00000032949 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Mgat1-201ENSMUST00000081794 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Nr2e1-201ENSMUST00000019938 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Lrp8-201ENSMUST00000030356 4555 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm21057-201ENSMUST00000206022 670 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Aaed1-202ENSMUST00000220895 2858 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Tatdn2-202ENSMUST00000113022 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Lactbl1-201ENSMUST00000178843 2954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gpc3-201ENSMUST00000069360 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Stox2-208ENSMUST00000211737 4573 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Brd3os-202ENSMUST00000209765 1898 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Fiz1-201ENSMUST00000077385 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Nr1h2-203ENSMUST00000107911 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Sgsm2-201ENSMUST00000057631 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Sybu-202ENSMUST00000110267 3127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Ssfa2-201ENSMUST00000111784 4999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Hr-201ENSMUST00000022691 5487 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Cldn4-201ENSMUST00000051401 1816 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Chst10-206ENSMUST00000194361 2996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trim3Q9R1R2 Galnt17-202ENSMUST00000160609 2875 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trim3Q9R1R2 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22 ms