Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Fbxo44-202ENSMUST00000105705 1034 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm9385-201ENSMUST00000117563 472 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ercc8-202ENSMUST00000120672 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm16215-201ENSMUST00000161990 637 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Mrpl53-201ENSMUST00000113938 695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm14719-201ENSMUST00000121891 340 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 9130230N09Rik-201ENSMUST00000174568 663 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm45059-201ENSMUST00000205558 1077 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Armc12-201ENSMUST00000025060 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Trappc2-203ENSMUST00000116495 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Dok3-202ENSMUST00000223563 1644 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Negr1-201ENSMUST00000041425 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Susd3-202ENSMUST00000058196 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm20478-201ENSMUST00000173648 1031 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ffar3-202ENSMUST00000185748 1234 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Tpi-rs5-201ENSMUST00000216947 774 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm18246-201ENSMUST00000221023 728 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Polr2j-201ENSMUST00000041366 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Yipf2-204ENSMUST00000213809 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm5922-201ENSMUST00000214963 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Mettl23-201ENSMUST00000106370 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Crybb3-205ENSMUST00000120506 804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gstt4-202ENSMUST00000160211 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 AC166341.4-201ENSMUST00000220625 123 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 4930408O17Rik-202ENSMUST00000222624 1131 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm36756-203ENSMUST00000223029 1166 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Mtfp1-201ENSMUST00000004868 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Agbl5-209ENSMUST00000201225 2646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 P4ha2-201ENSMUST00000019050 2230 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Clnkos-201ENSMUST00000114080 439 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 4930417O22Rik-201ENSMUST00000123249 1184 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 1700055C04Rik-201ENSMUST00000176450 355 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm36536-201ENSMUST00000194241 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm16198-201ENSMUST00000118766 670 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 A530058N18Rik-202ENSMUST00000134129 411 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Mir1938-201ENSMUST00000158746 100 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Kcnk16-201ENSMUST00000024155 916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ppp2r1b-209ENSMUST00000176349 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Crybb3-202ENSMUST00000117143 749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Gas5-210ENSMUST00000159706 557 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ndufv3-205ENSMUST00000191598 642 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 AC132863.2-201ENSMUST00000226643 799 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Hfe-201ENSMUST00000006787 516 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Hfe-203ENSMUST00000091707 816 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Fgf9-201ENSMUST00000022545 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Map2k3-201ENSMUST00000019076 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Kifc3-203ENSMUST00000169748 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Glb1-201ENSMUST00000063042 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Sept6-203ENSMUST00000115239 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Scn4aQ9ER60 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Psmb10-201ENSMUST00000034369 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gm11453-201ENSMUST00000117318 1007 ntBASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 A930006K02Rik-201ENSMUST00000149172 776 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gm16137-201ENSMUST00000161571 664 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gsg1l2-202ENSMUST00000181566 1158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 1700018B24Rik-201ENSMUST00000036023 593 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Mrps21-202ENSMUST00000072587 405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 AU022751-202ENSMUST00000117544 2201 ntAPPRIS P4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Syt7-205ENSMUST00000224135 1557 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Dclk1-211ENSMUST00000199169 1499 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gtf2b-201ENSMUST00000029938 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Tmem128-202ENSMUST00000119047 726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Rnd1-203ENSMUST00000120997 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Nr2f1-202ENSMUST00000125176 841 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Mvk-206ENSMUST00000137167 1049 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 1700121C08Rik-201ENSMUST00000137546 677 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gm26664-201ENSMUST00000181140 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gm5771-201ENSMUST00000049079 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Gm6415-201ENSMUST00000118488 348 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 Rgs20-203ENSMUST00000119256 883 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 1700108N11Rik-201ENSMUST00000153051 917 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Scn4aQ9ER60 AC155937.1-202ENSMUST00000156229 621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms